Brasiilia. Kuuekümnendad. Rio de Janeiro linna ehitatakse elamurajoon nimega "Cicade de Deus" (Jumala linn). Õigepea peale valmimist hakkab kohalik jõuk varastama hotellide vara ning röövima kütuseautosi. Sealsed noored võtavad nad endale eeskujuks ning "õpivad" neilt hästi. Seitsmekümnendad. Lil Ze-st (Leandro Firmino) on saanud uus kohalik kambapealik - tema võimu all on pea kogu linn. Vaid tema parim sõber, Bene (Phelippe Haagensen), pakub talle veel "kõvade meeste" seas konkurentsi. Kaheksakümnendad. Lil Ze ning Bene lähevad lõplikult tülli. Elanikud jagunevad kaheks suureks rivaalitsevaks rühmituseks. Linnast saab kogu riigi ohtlikuim paik ...

On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?

Viis New Yorgi kurikuulsat petturit ja varast reastatakse politseijaoskonnas rivvi. Peagi on neist kõik peale ühe surnud, pärast plahvatust laevas. Ellu jäi lombakas Verbalil, kellel ei jää muud üle kui rääkida politseile kõik, mis toimus peale ülesrivistust ning enne plahvatust laevas.

Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.

Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.