도심에 북극광이 나타난 1999년 어느 날 밤. 존은 아버지의 무선 라디오를 만지다 1969년에 살고 있는 아버지 프랭크의 목소리를 듣는다. 존은 소방관이었던 프랭크가 화재 현장에서 사고로 죽기 전 미리 피할 수 있는 방법을 알리고 그의 죽음을 막는다. 다음 날 존은 잃었던 아버지를 되찾은 기쁨에 들뜨지만 자신이 3명만 살해하고 죽었어야 할 연쇄 살인범도 함께 살렸다는 사실을 깨닫는다.
요정 모모는 마을 사람들에게 없어서는 안되는 존재. 그러나 마을 사람들은 회색 복장을 한 시간 도둑들의 꾐에 빠져 시간을 아끼려 버둥대며, 피곤하고 가증스러운 모습으로 바뀌게 된다. 이에 모모는 시간의 성서를 가지고 도둑과 필사적으로 싸우게 된다. 한손에는 한 떨기 시간의 꽃을 들고, 다른 한 손으로는 신비의 거북이 카시오데이아를 가슴에 안은 모모는 이웃들의 도둑맞은 시간을 되찾으려 한다.
한 소년이 동생을 찾으러 집 옆 숲으로 갔다가 그만 구덩이에 빠지면서 정신을 잃게 되고 잠시 뒤 깨어나게 된다. 잠깐의 시간이 흘렀다고 생각한 소년은 아무렇지 않게 일어나 집으로 돌아갔지만 부모님과 동생은 없고 다른 사람이 살고 있다. 경찰에 의해 과거 실종신고 접수가 된 아이가 자신이고 또한 몇 년의 시간이 흘렀다는 걸 깨닫는 소년. 어렵게 부모님을 찾게 되지만 이미 늙어버린 부모님과 어른이 되어버린 동생. 게다가 현 과학자들의 실험의 대상이 되어버린 소년은 과거로 돌아가기 위해 우주선을 타게 된다. 과연 소년은 무사히 과거로 돌아갈 수 있을까?
지워진 과거, 엇갈린 현재! 1991년 걸프전에서 머리에 총상을 입고 충격성 기억상실증에 걸린 잭 스탁스(에드리언 브로디). 1년 뒤, 8살 소녀 ‘재키’가족의 고장 난 자동차를 고쳐준 뒤 히치하이킹 한 차를 타고 캐나다로 가던 잭 스탁스는 기억을 잃고 쓰러지고, 며칠 뒤 깨어난 그는 살인혐의를 받아 법정에 세워진 사실을 알게 된다. 재판 결과 알파인 그로브 정신병원에 보내지게 된 잭 스탁스. 치료를 위해 약물 주사를 맞고 재킷이 입혀진 채, 시체 보관함에 갇히게 된 그는 극심한 공포감으로 또 다시 기억을 잃게 된다. 예정된 미래… 단서를 찾아 모든 것을 뒤집어야 한다! 잭 스탁스가 다시 깨어난 곳은 어느 허름한 식당 앞. 그곳에서 그는 웨이트리스 재키(키이나 나이틀리)를 만나게 되고, 재키는 오갈 때 없는 잭 스탁스를 자신의 집에 데려 온다. 그녀의 집에서 예전 자신의 물건을 발견한 잭 스탁스. 하지만, 그녀는 “그는 15년 전에 죽었다”라고 말하며 오히려 그를 거칠게 몰아낸다. 그 순간, 다시 병원에서 눈을 뜬 잭 스탁스! 그제서야 그는 미래로 이동해 체포하기 전 우연히 마주쳤던 꼬마 ’재키’를 다시 만났다는 사실을 깨닫게 된다. 그녀가 말한 죽음의 날짜까지는 앞으로 단 4일! 그는 일부러 사건을 일으켜 시체 보관함에 갇히기를 되풀이하며 미래에서 죽음의 단서를 찾기 시작한다. 그는 단서를 찾을 수 있을 것인가? 그리고 4일 뒤 예정된 미래를 뒤 바꿀 수 있을 것인가?
옐란드 함장(Capt. Matthew Yelland: 커크 더글러스 분)이 지휘하는 미 해군 소속 항공모함 니미쯔호는 태평양 하와이 군도로부터 인력 관리 전문가이자 역사 학자인 래스키(Warren Lasky: 마틴 쉰 분)를 동승시켜 그로 하여금 함정의 제반 근무 여건을 파악보고하도록 해달라는 요청을 받는다. 그를 태운 니미쯔호는 평상시처럼 순항 업무를 수행하던 도중 일기 예보상으로도 예측할 수 없었던 이상한 기상 현상에 휩쓸려 그만 전혀 엉뚱하게도 40년전인 1941년 12월 5일로 간다. 과거로 거슬러 올라간 그들은 그곳에서 당시 일본의 침공 가능성을 경고했던 상원의원 새뮤얼 채프먼(Senator Samuel Chapman: 찰스 듀닝 분)과 그의 여비서 로렐(Laurel Scott: 캐서린 로스 분)을 일본 전투기로부터 구출해 주게 된다. 채프먼은 원래 루즈벨트 대통령의 유력한 부통령 후보로 1945년 루즈벨트가 죽은 후 대통령 자리를 승계할 것으로 후세 역사가들에 의해 조망된 사람이지만 실제로는 진주만 기습이 있을때 그도 역시 실종되어 죽은 것으로 추정되어 오고 있다. 그런데 다시금 그를 살려주게 되면 미국의 역사가 바뀌어지기 때문인데. [스포일러] 고심 끝에 옐란드 함장은 오웬 중령의 견해를 따라서 상원의원 일행을 외딴 섬으로 피신시키려 하나 성급한 채프먼의 실수로 그의 일행이 탄 헬기가 공중 폭파해 버리고 그를 수행하고 갔던 오웬 중령은 로렐과 함께 외딴 섬이자 과거의 세계에 그대로 남고 만다. 일본의 진주만 기습이 임박해 오고, 레이다에 엄청난 수의 일본기가 나타나자 옐란드 함장은 출격 명령을 내린다. 이때 또다시 기상 현상이 다가오게 되자 함장은 공격 명령을 취소하고, 다시 현재로 돌아온다. 무사히 돌아온 래스키는 자신이 배에 오를 때 마중 나왔던 의문의 리무진에 있는 사람을 만나는데 그들은 오웬 중령과 로렐로, 40년이 흐른 늙은 모습을 하고 있었다.
와일더 집안의 어린 남매 노아와 엠마는 인형처럼 보이는 물건들이 들어있는 이상한 상자를 발견한다. 아이들이 이 '인형들'을 가지고 노는 동안, 이상한 일들이 벌어지는데, 이들의 지능이 놀라운 속도로 발달하는 것이다. 노아와 엠마의 담임선생님은 부모에게 이들의 지능이 이미 천재 수준을 넘어섰다고 말한다. 동생 엠마는 상자 속의 토끼 인형 '밈지'가 자신들에게 이 모든 것을 가르쳐주었다고 밝힌다. 이제는 정부당국에서도 이들 남매의 이상한 능력의 원천을 분석하기 위해 집을 폐쇄하고 연구 조사에 나선다. 엠마는 밈지가 미래로부터의 중요한 메시지를 가지고 있다고 말하는데, 과학적 분석결과, 밈지는 극도로 높은 차원의 전자부품인 동시에 유기체임이 밝혀진다. 과연 밈지가 전하려는 메세지는?
1943년 10월 필라델피아만에서 미해군 과학자 제임스 롱스트리트 박사는 적 레이더 교환 실험을 전개한다. 강한 자기장을 만들어 레이더에 이쪽 함정이 나타나지 않게 하는 장치다. 그러나 실험 결과 레이더상으로는 물론 실물 그 자체가 지상에서 감쪽같이 사라져버리는 이변이 일어난다. 막강한 전자 에너지로 인해 해군 함정이 4차원공간으로 날아가 버린다.
2247년 미래 지도자의 혈통을 끊어버리려고 과거로 간 악한을 찾는 정의로운 경찰관이 1985년의 L.A.로 온다.
시간 이동 프로젝트 연구원 우석은 투자 기업으로부터 프로젝트의 중단을 통보받는다. 연구를 지속하기 위해 지완을 비롯한 동료들의 만류에도 불구하고, 영은과 함께 위험한 테스트 이동을 감행한 우석은 24시간 후인 내일 오전 11시로의 시간 이동에 성공한다. 하지만 사라진 연구원들, 폐허가 된 기지, 누군가의 공격 24시간 후의 내일, 모든 것은 달라져 있다.
알렉스(Alex Furlong: 에밀리오 에스테베즈 분)는 전도유망한 카레이서로 그의 애차 포물과 어틀랜틱의 운전석에 앉았을 때만 해도 그의 일생이 그렇게도 깜짝 놀랄만치 변하리라고는 예상하지 못했다. 알렉스는 폭발적으로 속력을 내기 시작하여 거의 기록에 가까운 속력으로 트랙을 누볐다. 갑자기 피할 수 없는 사고가 발생하여 그의 자동차는 시속 140마일의 속력으로 공중에 내동댕이 친다. 그러나 부딪쳐 끝장나기 몇초전에 그는 더 굉장한 속도로 날게 된다. 무엇인가가 죽음으로부터 그를 끄집어내기 위어 서기 2009년의 세계로 집어넣은 것이다. 20년후의 세계는 법이 사라진 폭력적이고 다양한 색채의 색다른 곳이 되었다. 부유한 사람들과 가난한 사람들이 극단적으로 나뉘어지며 부유한 사람들은 자신의 뇌를 컴퓨터에 입력시켜 두었다가 죽은 육신을 선택한 후 그 희생자들의 몸에 자신들의 뇌를 다시 입력시키는 방법으로 영원한 삶을 살게 된다. 이미 한 고객이 알렉스의 몸을 자신의 것으로 선택한 것이다. 알렉스가 정신을 차려보니 영문도 모르면서 공포에 질려 많이 본듯하기도 하고, 전혀 모르는 것 같기도 한 길을 달리고 있었다.
거북이들을 위해 여행선물로 골동품을 사온 에이프릴, 그 중에서 용도를 알 수 없는 물건이 있어 만지던 중 에이프릴이 사라진다. 대신 나타난 것은 켄신이라는 일본 막부시대의 영주 아들로 자신이 일본에서 온 것이라고 말해준다. 막부시대 일본으로 간 에이프릴은 마녀로 몰려 투옥된다. 거북이들은 에이프릴를 구하기 위하여 과거로 향하고, 그곳에 도착하자마자 라파엘과 나머지 셋은 갈라져 에이프릴을 찾기는 커녕 자신들마저 뿔뿔이 흩어지는데...
안톤 모드리드(Doctor Mordrid: 제프리 콤브스 분)는 범죄 상담가로서, 맨하튼 브라운스톤의 영주로서, 현실세계에 알려져 잇찌만 실제로는 현실과 4차원의 세계를 잇는 출입구를 지키는 초현실적 능력을 가진 인물이다. 이 '닥터, 모드리드'는 150년간 그의 영원한 적수 코발을 기다려 왔으며, 이제 4차원의 감옥에 갇혀 있던 코발이 4차원을 탈출해 인류를 위협할려는 징후를 더욱 가까이 감지한다. 드디어, 코발이 현실 세계로 건너오는 4가지 징후가 나타나고, 불야의 두 초인은 인류를 수호하는 것과 지구를 지옥화하는 것의 각자의 목적을 달성키 위해 격돌을 하게 되는데...