در فیلم «نابودگر ۲: روز رستاخیز» باری دیگر یک شکارچی از زمان آینده، برای شکار جان کارنر به زمان فعل می آید. از زمان هولوکاست اتمی سال ۱۹۹۷ توسط ماشین ها و علیه انسان ها، تنها یک مرد باقی مانده که می تواند در وضعیت بحرانی انسان ها تغییری به وجود آورد و او کسی نیست جز جان کارنر که در این فیلم یک نوجوان بیشتر نیست اما قرار است در آینده و پس از فاجعه مذکور، رهبری انسان های باقی مانده در برابر ماشین ها را عهده دار باشد.
یک روز «نوبیتا نوبی» خرس به خصوصی را که توسط مادربزرگش به او اهدا شده است، پیدا می‌کند. طولی نمی‌کشد که «نوبیتا» تصمیم می‌گیرد تا در زمان سفر کند و...
جیمز کول (ویلیس)، یک زندانی حکومتی است که در سال ۲۰۳۵ به شرطی با آزادی اش موافقت می شود که به زمان گذشته برگردد و مانع گسترش یک بیماری ویروسی شود. این بیماری باعث نابودی بیش تر مردم کره ی زمین شده و به خاطر آلودگی هوا، بازماندگان در زیرزمین زندگی می کنند.
ان که پسر یک مامور آتش نشانی بوده و پدرش ۳۰ سال پیش در یک حریق کشته شده موفق می شود بطور اتفاقی روی فرکانس یک رادیوی کهنه صدای پدر خود را بشنود. در واقع یک پدیده جوی که در یک روز بخصوص هم در سال ۱۹۶۹ و هم سی سال بعد در همان روز خاص رخ داده است، این امکان را از نظر علمی فراهم آورده که دو انسان در دو زمان متفاوت با هم تماس برقرار کنند.
از زمانی که کانر توانست با کمک نابودگر از دست روبات جیوه ای جان سالم بدر ببرد ۱۰ سال می گذرد او هم اکنون ۲۵ سال دارد مادر او کشته شده و او تنها زندگی می کند ، کانر زندگی سختی دارد نه خانه ای و نه کاری .تی ایکس پیشرفته ترین روبات انسان پا به کره زمین می گذارد و قصد دارد با کشتن جان کانر زمین را از بین ببرد ، کانر قرار است در آینده فرمانده نیروهای زمینی شود که بر علیه روبات ها به جنگ می پردازند .نابودگر به زمین باز می گردد و این بار قصد دارد به هر طریق ممکن جان کانر را از مرگ نجات دهد در این بین جان کانر با دختری که سالها پیش با او همکلاسی بوده آشنا می شود آنها قرار است بعد ها با هم ازدواج کنند . نابودگر بعد از دشواری زیاد تی ایس را از بین می برد و خود نیز ار بین می رود . جان کانر همراه دوست دختر خود به پناهگاهی می روند که سالها پیش برای جنگهای اتمی درست شده است . در این هنگام روباتها به سیستم اتمی جهان نفوذ کرده و جنگ اتمی را آغاز می کنند.
برای فرار از دست پلیس پس از یک سرقت، دو خواهر و برادر قطع رابطه کرده در یک خانه روستایی متافیزیکی که آنها را در زمانی دیگر پنهان می‌کند، مخفی می‌شوند. در آنجا آنها با نیرویی مرموز روبرو می‌شوند که پیوندهای خانوادگی‌شان را تا نقطه شکست غیرطبیعی سوق می‌دهد.