메트로시티의 막강 라이벌 메트로맨과 메가마인드! 도시의 영웅 메트로맨과 달리 슈퍼 악당 메가마인드는 모든 사람들이 두려워하는 대상. 그러던 어느 날... 꼭 한번 메트로맨을 이기고 싶었던 메가마인드는 회심의 일격을 가하고 얼떨결에 메트로맨을 제거하는데 성공한다. 하지만 승리의 기쁨도 잠시! 앙숙이자, 숙적이자, 자신을 대적할 유일한 상대였던 메트로맨이 사라진 후 메가마인드는 예상치 못한 무료함에 점점 시들해져 가는데... 관심 받고싶은 슈퍼악당, 안티히어로 메가마인드! 영웅을 제거해버린 그의 기상천외한 다음 계획은??

기억을 잃은 채 깨어난 피카츄, 난 누구? 여긴 어디? 유일한 단서는 탐정모자에 적힌 해리란 이름과 주소. 주소 속 아파트에서 자신의 말을 유일하게 알아 듣는, 실종된 해리의 아들 팀 굿맨을 만나게 된다. 명탐정의 촉으로 이건 그야말로 대.박.사.건! 사라진 아빠를 찾기 위해 피카츄와 떠나는 기상천외한 모험이 시작된다. 피카피카!

무리한 자원 채취로 크립톤 행성의 종말이 다가오자 조드 장군은 반란을 일으켜 자신들만의 왕국을 건설하려 한다. 이에 반대한 조엘은 크립톤인의 유전자 정보가 담긴 코덱스를 빼돌려 이를 갓 태어난 자신의 아들 칼엘과 함께 지구로 보내고, 반란에 실패한 조드 장군은 감옥에 갇힌다. 지구에 도착한 칼엘은 뒤늦게 자신의 정체를 알아내지만 감옥에서 탈출한 조드 장군의 공격을 받는다. 조드 장군은 코덱스를 되찾아 지구에 새로운 왕국을 건설하려 하고클라크 켄트는 자신을 그토록 괴롭혔던 지구인을 지키기 위해 조드 장군과 전면 승부를 벌인다.