옛날 옛적 바다 밑, 페퍼랜드(Pepperland)라는 평화로운 마을에 이나라 최고 인기 밴드인 서전트 페퍼스 론리 하츠 클럽 밴드(Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band)가 음악이라면 질색인 블루 미니스(Blue Meanies)가 이끄는 군대로 부터 미사일 공격을 받는다. 그들은 이세상에서 음악과 사랑과 행복을 영원히 말소시키기 위해 평화로운 마을에 침공한 것. 위기를 맞은 페퍼랜드 국민들은 구원을 청하는 노란 잠수함을 타고 비틀즈를 찾게 되고 사정을 들은 비틀즈는 온갖 모험과 기지로 마을의 평화를 되찾는다.

두 명의 해군 하사관이 죄수 한 사람을 호송하여, 노포크 해군가지를 출발한 후 워싱턴과 뉴욕, 보스턴을 지나 포스머스의 해군 교도소로 향한다. 죄수는 모금함에서 40달러를 훔치다가 잡힌 사람으로, 사령관 부인이 주최한 소아마비 기금 모금함이었던 터라, 8년형에 불명예 제대라는 중벌을 받게 된 것이었다. 세상 물정에 대해서는 아무 것도 모르는 어린 죄수를 호송하던 두 하사관은 짧은 기간 이지만 그에게 세상을 가르치려 노력하는데...

넘치는 혈기와 모험심으로 광활한 바다를 항해하며 약탈을 일삼는 도적계의 섹시남, 신밧드! 거칠 것 없는 그의 용기와 패기 앞에 엄청난 사건이 도사리고 있었으니... 그것은 바로 세계의 평화를 좌지우지할 평화의 책 도난 사건. 평화의 책이 사라지는 순간, 세상은 일순간에 어둠에 휩싸이고 사람들은 혼란에 빠지게 된다. 도적계의 섹시남, 최강의 적수를 만나다!! 혼돈의 여신 에리스의 모략으로 평화의 책을 훔친 범인으로 지목된 신밧드는 위기에 몰리게 된다. 평화의 책을 수호하는 임무를 맡은 그의 절친한 친구 프로테우스는 신밧드를 대신해 감옥에 갇히고, 만약 신밧드가 평화의 책을 찾아오지 못하면 프로테우스는 죽음을 면치 못하게 된다. 그러나 프로테우스의 죽음은 아랑곳 않고 피지로 놀러 갈 계획만 세우는 신밧드. 그 앞에 프로테우스의 약혼녀인 마리나가 등장해 그의 최대의 약점인 돈을 무기로 신밧드를 매수한다. 7대양을 압도하는 엄청난 모험이 시작된다!! 신밧드는 당돌하기 그지없는 마리나에게 이끌려, 결국 평화의 책을 찾기 위한 대장정에 오르게 되는데... 그들 앞에 놓여있는 수많은 공포와 위험. 과연 그들은 혼돈의 여신 에리스에 맞서 평화의 책을 되찾고, 프로테우스의 목숨을 구할 수 있을 것인가!

폭풍이 개이고, 해가 뜨자 오랜 항해를 끝낸 작은 보트 한 척이 '스위트 헤이븐' 시의 항구로 들어온다. 2살때 헤어진 아버지(Poopdeck Pappy: 레이 왈스톤 분)를 찾아 여행 중인 그는 항구에서 쾌활한 가정 주부를 만나 그녀의 집으로 초대를 받는다. 선원 뽀빠이(Popeye: 로빈 윌리암스 분)는 그곳에서 그녀의 식구들을 소개받고, 특히 그녀의 아름다운 딸 올리브(Olive Oyl: 셜리 듀발 분)를 만난다. 그러나 저녁 식사 도중 뽀빠이는 올리브에게 이미 약혼자가 있다는 사실을 알게 되고, 그녀의 약혼자는 바로 캡틴 브루토(Bluto: 폴 L. 스미스 분)였다. 브루토는 거대한 체구와 큰 목소리를 가진 인물로, 코모도라는 사람을 위해 일하는 스위트 헤이븐시의 악당이다. 우연히 바구니 속에 들어 있는 아이(Swee'pea: 웨슬리 이반 허트 분)를 함께 키우면서, 올리브와 뽀빠이는 서로 좋아하게 되고, 마침내 폭발한 브루토는 올리브 가족을 괴롭히기 시작한다.