Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

e film montre une chronologie alternative où les relations étroites entre les cavaliers n'existaient pas et l'impact du premier météore a évaporé tous les océans de la Terre. Sept ans après que le météore a frappé la Terre, ZECT fait semblant d'utiliser une comète qui passe pour recharger les océans de la Terre, alors qu'en réalité ils tirent un autre météore pour s'écraser sur Terre, un assez grand pour anéantir toute l'humanité.

Devant l'accroissement de la pollution des mers, le roi de Seatopia décide de prendre des mesures : envahir le monde de la surface en envoyant le monstre Megalon. Pour aider Megalon, des agents sont envoyés dérober un robot qui servira de guide d'attaque au monstre : Jet Jaguar. Megalon détruisant tout sur son passage, on décide d'appeler Godzilla à l'aide pour vaincre le monstre...