Ben klarer ved et uhell å sette Omnitrixen på Selvødeleggelsesmodus og den vil ødelegge universet vis den ødelegges. Tetrax og vennen hans Gluto tar med Ben og Gwen ut i verdensrommet for å finne Omnitrixens skaper Azmuth for få deaktivert Omnitrixens Selvødeleggelsesmodus.
Etter re-oppstandelsen av verdens første mutant, verdens-ødeleggeren Apocalypse, må X-Men forene seg for å beseire hans utryddelsesplan.
En gamer i tenårene må bli heltidsbarnevakt når favorittspillet hans slipper tre smårollinger med superkrefter fra verdensrommet ned i bakgården hans.