Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.

1000 χρόνια μετά από έναν Παγκόσμιο Πόλεμο, ένα παραθαλάσσιο βασίλειο γνωστό ως Η Κοιλάδα των Ανέμων παραμένει ένας από τους λίγους κατοικήσιμους τόπους. Με αρχηγό τη γενναία πριγκίπισσα Ναυσικά, οι κάτοικοι της Κοιλάδας, πολεμούν συνεχώς τα παντοδύναμα έντονα Όχμου φυλακές της δηλητηριώδους ζούγκλας που κατακλύζει τη Γη. Η Ναυσικά και οι θαρραλέοι ακόλουθοί της πολεμούν για να ζωντανέψουν το σύνδεσμο της ανθρωπότητας με τη Γη.

Ο Γιο Χινομούρα, γνωστός ως Φρίμαν, είναι ένας δολοφονικός εκτελεστής μιας μυστικής κινεζικής οργάνωσης και κάθε φορά που σκοτώνει, χύνει ένα δάκρυ. Καθώς δολοφονεί τρεις μαφιόζους της Γιακούζα, τον βλέπει μια όμορφη καλλιτέχνιδα, η Εμού, και τον ερωτεύεται. Ο Φρίμαν τώρα είναι στόχος της Γιακούζα που αποζητά εκδίκηση, αλλά σύντομα θα ανακαλύψουν ότι και το παραμικρό τους λάθος, θα είναι και το τελευταίο τους.