Im 23. Jahrhundert bewegt sich das Böse in Form eines nahezu unzerstörbaren Kometen auf die Erde zu. Wird er nicht aufgehalten, wird er die Welt vernichten. Doch die Mondoshawan, ein uraltes, friedliebendes Volk, besitzen eine Waffe, das sogenannte fünfte Element, mit der der Komet vernichtet werden kann. Auf ihrem Weg zur Erde werden sie jedoch von bösen Mächten vernichtet, die den Untergang der Menschheit herbeiführen wollen. Wissenschaftlern aber gelingt es, das fast zerstörte fünfte Element wieder herzustellen. Durch eine Reihe von Zufällen wird schließlich der Taxifahrer Korben Dallas in die Geschichte hineingezogen: In seinen Händen liegt plötzlich die Zukunft der Menschheit.

John Murdoch wacht in einem Badezimmer eines ihm unbekannten Hotels auf: Im Schlafzimmer liegt eine Frauenleiche und er kann sich an nichts aus seinem Leben erinnern. Ein Doktor namens Daniel Schreber rät ihm per Telefonanruf zur Flucht. Gesagt, getan. Murdoch flieht und beginnt Nachforschungen anzustellen. Dabei findet er heraus, dass er offensichtlich ein gesuchter Serienkiller ist. Doch die Stadt, aus der es kein Entkommen zu geben schein, ist merkwürdig: Die Sonne scheint nie und alle Menschen fallen gegen Mitternacht in einen kurzen komatösen Schlaf. Und schon bald sind ihm nicht nur Polizisten auf den Fersen…

Auf der Erde sind im 26. Jahrhundert 300 Jahre nach dem großen Krieg die gesellschaftlichen Systeme zerfallen. Bei seiner Suche nach Cyborg-Technologie rettet der mysteriöse Wissenschaftler Dr. Ido aus einem Schrotthaufen eine weibliche Cyborg. Er flickt die künstliche Frau, deren Körper bis auf ihr menschliches Gehirn aus Maschinenteilen besteht, wieder zusammen, und wird zu einer Art Ersatzvater für sie. Doch Alita ist ein gefährliches Wesen. Sie kann sich nicht erinnern, wer sie ist oder woher sie kommt. Dr. Ido jedoch glaubt, dass sie diejenige ist, die den Kreislauf von Tod und Zerstörung, der von Tiphares zurückgelassen wurde, durchbrechen kann. Um ihrer wahren Bestimmung zu folgen, muss Alita kämpfen und töten. Als ein Geschenk des Himmels ist sie doch auch ein Engel des Todes.

Shinya Kogami, den es nach Tibet verschlagen hat, rettet Flüchtlinge, die von Guerillas angegriffen werden. Daraufhin bittet ihn ein kleines Mädchen, ihm das Kämpfen beizubringen, um sich zu rächen ...

Motoko Kusanagi ist von ihrer Verantwortung bei der 501-Organisation befreit und muss nun lernen, wie sie Befehle von Aramaki entgegennimmt. Jemand hackt die Logicomas und Batou bittet den ehemaligen Geheimdienstoffizier der Armee, Ishikawa, und den ehemaligen Luftartillerie-Experten Borma um Hilfe. Kusanagi möchte außerdem den Spitzenscharfschützen Saito und den verdeckten Ermittler Paz für die neue Abteilung 9 für öffentliche Sicherheit gewinnen.

Die Geschichte spielt im Jahr 2027, ein Jahr nach dem Ende des vierten nichtnuklearen Krieges. New Port City leidet immer noch unter den Folgen des Krieges, als es zu einem Bombenanschlag durch eine selbstfahrende Mine kommt. Dann wird ein Militärangehöriger, der in den Waffenhandel mit Bestechungsgeldern verwickelt ist, erschossen. Während der Ermittlungen trifft Daisuke Aramaki von der Abteilung für öffentliche Sicherheit auf Motoko Kusanagi, den Cyborg-Hacker auf Zaubererniveau, der der 501. Geheimeinheit des Militärs zugeteilt ist. Batou, ein Mann mit dem „Auge, das nicht schläft“, vermutet, dass Kusanagi hinter dem Bombenanschlag steckt. Der Detektiv der Präfekturpolizei Niihama, Togusa, verfolgt seine eigenen Doppelfälle, nämlich den Mord bei einer Schießerei und den Mord an einer Prostituierten. Motoko selbst wird vom Chef Kurutsu und Cyborg-Agenten der 501. Geheimeinheit beobachtet.

Die Vereinigten Staaten sind in naher Zukunft ein Überwachungsstaat, in dem versucht wird, die massiven, durch Drogenkonsum und -abhängigkeit hervorgerufenen Probleme einzudämmen. Einzig die Organisation „Der neue Pfad“, die geschlossene Entziehungskuren für Drogenabhängige anbietet, kann sich durch besondere Verträge mit der Regierung der Überwachung entziehen. Bob Arctor ermittelt verdeckt als Agent Fred in einem Fall um die Droge „Substanz T“, wobei das Kürzel „T“ für den Tod steht, und ist während seiner Ermittlungsarbeiten selbst zum Konsumenten dieser Droge geworden. Seine Anonymität wird durch einen so genannten „Jedermann-Anzug“ gewahrt, der ständig das Äußere des Trägers ändert und seine Stimme manipuliert, so dass er unidentifizierbar wird.

Im Jahr 2112 trifft Drohnenpilot Teppei Sugo in Okinawa auf den Vollstrecker Tomomi Masaoka vom Amt für Öffentliche Sicherheit, nachdem unbemannte bewaffnete Drohnen Tokyo angegriffen haben.

Ein Programmierer freundet sich mit einer seiner Spielfiguren an, die in einer von ihm erschaffenen Welt lebt.

In der Zukunft wird die Welt von mächtigen High-Tech-Konzernen beherrscht. Der Programmierer Dr. Darrel Lindenmeyer vom Law Enforcement Technology Advancement Centre hat ein Computerprogramm entwickelt, das bei der Schulung von Polizisten zum Einsatz kommen soll. In einer virtuellen Welt sollen die angehenden Gesetzeshüter den computergenerierten Kriminellen Sid 6.7 schnappen, dessen Persönlichkeit insgesamt 183 Profile verschiedenster Schwerverbrecher und Serienmörder berücksichtigt. Was keiner ahnen kann: Das Programm entwickelt ein mörderisches Eigenleben und kann den Grenzen des Cyberspace entkommen. Im Körper eines Androiden gelangt Sid in die reale Welt, wo er eine tödliche Blutspur hinterlässt. Der Ex-Polizist Parker Barnes soll den wahnsinniger Killer aufhalten...