Problemene bygger seg opp i Bikini Bottom. Noen har stjålet kong Neptuns krone, og det ser ut som Hr. Krabbe, Svampebob sjef, er den skyldige. Selv om han er bare blitt forbigått for å fremme sine drømmer, står SpongeBob av sjefen sin, og sammen med sin beste venn, Patrick, legger ut på et farlig oppdrag for å Shell City for å gjenvinne kronen og redde Mr. Krab liv.