SEELE organizuje zmasowany atak na NERV, próbując zniszczyć Evy, zanim Gendo uruchomi Trzecie Uderzenie i Projekt Dopełnienia Ludzkości.

Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.

W punkcie kulminacyjnym Wojen Eve, 24 grudnia AC 195 roku, armie Narodu Świata i Białego Kła spotkały się w zaciekłej bitwie. Lider Narodu Świata Treize Khushrenada został zabity, przywódca Białego Kła Zechs Merquise zniknął, a Ziemia została uratowana przed zniszczeniem dzięki interwencji pięciu pilotów Gundam. Będąc świadkami konsekwencji wojny i nienawiści, ludzie na Ziemi i kolonie kosmiczne odłożyli na bok swoje różnice i razem utworzyli nowy rząd światowy. W tym nowo utworzonym Narodzie Zjednoczonej Sfery Ziemi minął rok w pokoju. Rząd i ludność rozbroili się, a prawie wszystkie pozostałe kombinezony zostały zniszczone. Decydując się pójść w ich ślady, piloci Gundam Heero Yuy, Duo Maxwell, Trowa Barton, a Quatre Raberba Winner umieszczają swoje potężne mobilne kombinezony wewnątrz asteroidy i wysyłają je w jednokierunkową podróż na słońce. Ale nawet gdy żegnają się z Gundamami, zbliża się nowy konflikt.