پدرخوانده با از دست دادن برادرش در جریان فعالیتهای تبهکارانه ی خانواده و مبارزه با دیگر خانواده‌ها و همچنین جداشدن همسرش تصمیم گرفته است تا فعالیتهای خانواده را کاملا قانونی کند. بدین منظور قصد دارد تا شرکتی که درآمد اصلی کلیسای واتیکان را تامین می‌کند خریداری نموده و مدیریتش را به دختر و پسرش واگذار کند. اما این معامله ایست پر سود و سران خانواده‌های مافیایی نیز خواهان شریک شدن در آن هستند. از طرفی در کلیسا نیز دستهایی پنهان در تلاش است تا جلو انعقاد این قرارداد را بگیرد. پدرخوانده نیز برای شریک نکردن سران مافیا تاوان سنگینی را خواهد پرداخت.
رابرت مک کال خود را در خانه در جنوب ایتالیا می‌بیند اما متوجه می‌شود که دوستانش تحت کنترل روسای جنایی محلی هستند. همانطور که وقایع مرگبار می‌شوند، مک کال می‌داند که باید چه کاری انجام دهد: با مقابله با مافیا، محافظ دوستانش شود.
یک روز در حین بازی بیرون از خانه، میشل نه ساله فیلیپو را پیدا می‌کند که در انتهای یک سوراخ به زمین زنجیر شده است. میشل شاهد شرور شهر فلیس در همان نزدیکی است و مشکوک است که اتفاق بدی در حال رخ دادن است. میشل مطمئن نیست که باید در مورد کشف خود به چه کسی بگوید، در نهایت با نزدیکترین دوستش در میان می‌گذارد. والدین میشل از کشف او مطلع می‌شوند و به او هشدار می‌دهند آنچه را که دیده فراموش کند.
سال ۱۹۴۳، اوج جنگ جهانی دوم. هواپیمای “سرهنگ جوزف ل.رایان” (سیناترا)، خلبان نیروی هوایی امریکا سرنگون می شود و او را به اردوگاه اسرا در ایتالیا می برند. در آن جا “رایان” عملیات فرار ۶۰۰ زندانی انگلیسی و امریکایی را رهبری می کند.