עיר החיות "זוטרופוליס" היא עיר בה כל החיות מכל הזנים והסוגים חיות יחדיו - עיר בה לא חשוב אם אתה הפיל הגדול בעולם או העכבר הקטן ביותר. אולם כאשר השוטרת ג'ודי הופס מגיעה לעיר היא מגלה שלהיות הארנבת הראשונה בשירות המשטרה של חיות גדולות וקשוחות, אינה משימה פשוטה. נחושה להוכיח את עצמה, היא קופצת על ההזדמנות לפצח תעלומה, גם אם זה אומר להתחבר לשועל חלקלק.

תחילת המאה ה-16. הקונקוויסטדורים הספרדים כובשים את דרום אמריקה. צמד נוכלים זוטרים טוליו ומיגל שמים את ידיהם על המפה שמובילה לעיר הזהב האגדית אל-דורדו. הם נמלטים מספינתו של קורטז ומגיעים אל העיר המובטחת, אך כאן רק מתחילות הצרות האמיתיות.

פינגווין הולך העירה כדי להספיק קניות של הרגע האחרון, אבל הוא נדחף בטעות לתוך גרב. רק חבריו הפינגווינים יכולים להציל אותו! קטע קצר באורך של 11 דקות שהופץ יחד עם הדי-וי-די של סרט האנימציה "מדגסקר".

לאחר שמילו וחבריו הצליחו להציל את העיר התת-קרקעית וכל תושביה, הם נקלעים שוב לאקשן והרפתקאות נוספות. הקבוצה חייבת לעזוב את אטלנטיס ולחזור לפני השטח כדי להתמודד אל מול כוח מסתורי והרסני שמאיים על העיר האגדית.