어릴 적부터 경찰이 꿈이었던 토끼 주디 홉스는 주변의 만류에도 불구하고 경찰학교에 들어가 당당히 수석으로 졸업한다. 온갖 동물들이 모여 살며 교양 있고 세련된 라이프 스타일을 주도하는 대도시 주토피아에 자원한 주디는 의욕을 안고 출근하지만, 상사는 작은 토끼라는 이유로 주차관리 같은 소일거리만 시킨다. 따분하게 업무를 보던 주디는 아이스크림 불법 판매를 일삼는 사기꾼 여우 닉 와일드를 알게 되고, 그와 함께 48시간 안에 주토피아에서 벌어지고 있는 연쇄 실종사건을 추적해야만 하는데...

잭,마리아 그리고 고든은 문화재관리국으로 돌아와 국장 리카드로를 만난다. 리카드로는 문화재박물관에서 그들에게 납판을 보여주고 조사를 부탁한다. 그들이 떠난후 그리섬대령과 부하들이 들이 닥쳐 리카드도에게 납판에대한 정보를 요구하나 리카르도가 거절하자 그를 살해한다. 박물관에서 잭일행은 황금도시에 대한 정보가 적혀있는 잉카의 마지막 황제인 아타후알파의 큐이파목걸이를 발견한다. 그러나 곧바로 들이닥친 그리섬대령의 부하들에게 ？긴다. 도망치던 도중 ,잭은 친구가 죽은 광산을 운영하는 페루마약왕 시저의 부하들에게 잡히고 시저는 보물정보를 요구하며 죽이겠다고 협박한다. 그러는 도중 마리아와 고든은 그리섬대령에게 잡히고 이 사실을 안 잭은 마약왕에게 협상을 제의한다. 과연 스페인 정복자 피사로의 무덤에 얽인 비밀과 황금도시는 누가 찾게 될것인가? 또 다시 안데스산맥에서 목숨을건 사투가 시작된다.

젊은 지도 제작자 마일로는 전설의 섬 아틀란티스에 가보는 것이 꿈이다. 바닷속 어딘가에 아틀란티스가 실재한다고 말할 때마다 바보 취급을 받던 마일로에게 한 괴짜 갑부가 아틀란티스를 찾는 중요한 단서인 고대 문서를 전해준다. 갑부의 후원으로 탐험대를 꾸린 마일로는 요란한 모험 끝에 신비의 땅 아틀란티스를 발견한다.

동물원 식구들 모두가 크리스마스 분위기에 휩싸인 가운데, 홀로 쓸쓸히 지내는 북극곰을 발견하고 안타까워하는 ‘프라이빗’. 그는 친구들의 반대에도 불구하고 북극곰 크리스마스 선물을 사기 위해 동물원 밖으로 탈출한다. 하지만 인형같은 외모 때문에 괴팍한 할머니에게 팔려가고 마는데... 막내를 찾아 동물원 밖으로 탈출하는 펭귄 일당. 과연 이들은 막내 ‘프라이빗’을 구하고 무사히 동물원으로 돌아올 수 있을 것인가.

고담시의 뒷골목에서 펼쳐지는 대규모 무기 밀매. 그 배후에는 나이트클럽을 운영하며 정직하게 사는 척 하는 '펭귄' 오스왈드 코블폿과, 한몫 잡을 기회를 노리고 있었던 암흑가의 대부 루퍼트 쏘온, 그리고 일에만 매달려 가족은 뒷전인 폭력단 두목 듀케인의 결탁이 있었다. 쏘온이 댄 자금으로 펭귄이 자기 장난감 공장 지하의 비밀 아지트에서 무기를 생산하여, 듀케인의 부하들이 목적지까지 수송하는 것. 그런데 이들의 음모를 알아채고 훼방을 놓기 시작하는 수수께끼의 그림자가 나타난다. 그 이름은 '배트우먼'. 그녀는 로켓 글라이더를 타고 고담시의 하늘을 누비면서, 듀케인의 무기 수송 트럭을 습격하여 내용물을 파괴하고는, 밤의 어둠 속으로 유유히 사라진다. 계획을 꾸민 악당들은 물론, 배트맨과 고담시 경찰도 그녀의 정체를 밝혀내려고 무진 애를 쓰지만, 이렇다 할 단서를 찾지 못한다. 낮에는 사업을 살피고 밤에는 이 사건을 추적하느라 동분서주하는 '배트맨' 브루스 웨인의 인생에, 약속이나 한 듯 세 명의 여인이 끼어든다. 듀케인의 딸로, 쇼핑을 좋아하고 반항적인 소녀 캐시, 웨인 케미컬의 촉망받는 사원으로, 다소 멍청해 보이지만 사실은 무술 유단자인 록키, 그리고 고담 경찰국의 신참으로, 냉정하고 이지적인 경관 소냐. 이들 가운데 한 사람이 배트우먼의 정체일 것이라 생각한 브루스는, '로빈' 팀 드레이크와 함께 이들의 행동을 감시하지만, 희한하게도 세 사람 모두 배트우먼이 나타났을 때에는 그럴듯한 알리바이가 있었다. 한편 궁지에 몰린 펭귄과 쏘온은 듀케인과의 계약을 취소하고, 새로운 보디가드로서 공포의 근육질 사나이 베인을 불러들이기에 이른다.

마다가스카 섬에서 좌충우돌 모험을 끝낸 뉴요커 4인방 사자 알렉스(벤 스틸러), 얼룩말 마티(크리스 락), 기린 멜먼(데이빗 쉼머), 하마 글로리아(제이다 핀켓 스미스)는 펭귄 특공대가 제작한 비행기 ‘에어 펭귄’을 타고 뉴욕으로 컴백하던 중 또 다시 미지의 세계에 불시착하게 된다. 이번에는 말로만 듣던 진짜 生 야생 ‘아프리카’! 그들은 각자 헤어졌던 가족, 새친구, 연인을 만나 生 야생에 적응해간다. 그러던 중, 평화롭던 아프리카에 가뭄이 찾아오고 뉴요커 4인방은 혼란에 빠진 아프리카를 구하기 위해 뭉치는데… 과연 함께해도 모자란 이들이 위기의 아프리카를 구할 수 있을까? 그리고 아프리카를 탈출해 무사히 집으로 돌아갈 수 있을까?

북대서양을 항해하던 무역선이 정체 불명의 바다괴물에게 공격당한다. 백만장자 휘트모어와 그의 아틀란티스 탐험대는 이 사고가 아틀란티스의 입구를 지키는 레비아탄의 소행일 것이라 추측하고 다시 아틀란티스를 찾는다. 제국의 재건을 돕기 위해 아틀란티스에 남았던 마일로는 오랜만에 찾아온 옛 동료들을 반갑게 맞지만, 사건의 정황을 듣고는 곧 심각한 걱정에 빠진다. 비록 레비아탄은 여전히 자신의 위치를 지키고 있었지만, 아틀란티스의 심장인 크리스탈의 부활로 인해 다른 곳에서 잠자고 있던 아틀란티스의 병기가 되살아났을 수도 있기 때문이다. 마일로와 키다는 함께 지상으로 나가 사태를 정확히 파악하고자 한다. 괴물이 나타났다는 바다 근처를 항해하고 있을 때, 예의 바다 괴물이 마일로 일행을 공격해온다. 소형 잠수정으로 탈출한 이들은 운좋게 목숨을 구하지만, 파도에 떠밀려 안개 자욱한 섬에 이르게 된다. 그곳의 지도자처럼 보이는 노인 볼거드는 그들을 숙소로 안내하지만, 배를 수리하는 대로 떠날 것을 종용하는 등 의심스런 태도를 보인다.