داستان طومار نینجا درباره یک شمشیرزن بدون استاد و سرگردان به نام کیباگامی جوبی است که به تنهایی سفر می‌کند و به استخدام کسانی که به او به عنوان پاداش طلا و چیزهای با ارزش می‌دهند در می‌آید. در آن زمان ژاپن در بحران به سر می‌برد و بیماری طاعون در حال نابودکردن روستاها بود و حتی خود دولت ژاپن را نیز درگیر کرده بود. جوبی نیز به طور غیرمستقیم درگیر برنامه یک گروه شیطانی به نام ۸ شیطان شد، که هدف آن‌ها تسخیر ژاپن بود.

قاتل سریالی دیوانه و دگرآزار که وسواس زیادی به آموزش ارزش زندگی به قربانیان خود می‌دهد، افراد از نظر اخلاقی خیره سر را می‌رباید. پس از دستگیری، آن‌ها باید با انتخاب‌های غیرممکن در یک بازی وحشتناک بقا روبرو شوند. قربانیان باید برای به دست آوردن دوباره زندگی خود بجنگند یا در حین تلاش بمیرند...

هنگامی که یک قربانی قتل جدید با تمام نشانه‌های طرز کار جیگساو کشف می‌شود، کارآگاه اریک متیوس تحقیقات کاملی را آغاز می‌کند و جیگساو را با کمی تلاش دستگیر می‌کند. اما برای جیگساو، گرفتار شدن تنها بخشی دیگر از نقشه اوست. هشت نفر دیگر از قربانیان او در حال حاضر برای زندگی خود می‌جنگند و اکنون زمان آن رسیده است که متیوس به بازی بپیوندد.

جیگسا و شاگردش آماندا مرده‌اند. حال، در پی خبر قتل کارآگاه کری، دو تحلیلگر با تجربه اف‌بی‌آی به نام‌های مامور استراهم و مامور پرز به محیط وحشت‌زده می‌آیند تا به کارآگاه با سابقه هافمن در وارسی آخرین بازمانده‌های رعب‌آور جیگسا و قرار دادن تکه‌های معما کنار هم کمک کنند. با این حال، وقتی فرمانده گروه ضربت به‌نام ریگ ربوده شده و وارد یک بازی می‌شود، آخرین پلیسی که تماسی با جیگسا نداشته، تنها نود دقیقه فرصت دارد تا با غلبه بر مجموعه‌ای از تله‌های دیوانه‌وار، دوست قدیمی‌اش را نجات دهد یا با پیامدهای مرگباری مواجه شود.