El Paso, 2029. Sono 25 anni che non nascono più mutanti e quelli che sono sopravvissuti sono degli emarginati, in via di estinzione. Logan/Wolverine vive facendo lo chaffeur e la sua capacità di rigenerazione non funziona più come un tempo, mentre il Professor X ha novant'anni e il controllo dei suoi poteri psichici è sempre meno sicuro. Quando una donna messicana cerca Logan per presentargli una bambina misteriosa di nome Laura, nuove attenzioni e nuovi guai cominciano a raggiungere i mutanti.

I supereroi più famosi si riuniscono in una squadra di personaggi Marvel leggendari come Iron Man, l'incredibile Hulk, Thor, Captain America, Occhio di Falco e Vedova Nera. Quando la comparsa di un nemico inatteso minaccia la tranquillità e la sicurezza del mondo, Nick Fury, direttore dell'agenzia internazionale per il mantenimento della pace conosciuta come S.H.I.E.L.D., si trova ad aver bisogno di una squadra che salvi il pianeta dall'orlo del disastro. Inizia così, da un capo all'altro della terra, un audace lavoro di reclutamento. Dopo aver riunito la squadra, Nick Fury e il suo fidato assistente, l'Agente Coulson, dovranno convincere i supereroi a convivere e lavorare insieme, utilizzando i loro incredibili poteri contro il pericoloso Loki che è riuscito ad accedere al Tesseract e ai suoi poteri illimitati.

I Thunderman, famiglia con superpoteri, vive spensieratamente combattendo il crimine. I giovani gemelli Phoebe e Max, in particolare, si godono il loro stile di vita da supereroi e si rilassano troppo, mandando a rotoli una missione di salvataggio. I Thunderman vengono costretti a tornare a Hiddenville. Mentre i genitori Hank e Barb sono felici di essere tornati nella loro vecchia casa e i primogeniti Billy e Nora sperano di poter avere una normale vita da liceali, Max e Phoebe sono determinati a riconquistare il loro status di supereroi…

Lex Luthor è riuscito a diventare presidente degli USA, e deve salvare il pianeta da una meteora di kriptonite che sta per cadere sulla Terra. Ne approfitta per accusare Superman e mettere su di lui una taglia, cosicchè tutti gli eroi e i cattivi dell'universo DC si metteranno contro di lui. Tutti, tranne Batman.

Gotham City. Il Joker e il Pinguino fuggono dal manicomio di Arkham. Al cimitero di Gotham, Pinguino cerca un tesoro che aveva nascosto lì, ma scopre che c'è solo la bara del famigerato Conte Dracula, esportata lì e, sbadatamente, lo sveglia. Dracula morde il guardiano del cimitero, ipnotizza Pinguino, sempre col tentativo di creare un esercito di altri vampiri. A una cena della Wayne Industries, Dracula si infiltra e incontra Batman, nelle vesti di Bruce Wayne, e la sua fidanzata Vicki Vale, dove vampirizza uno dei camerieri della cena. Pochi minuti dopo iniziò al cimitero il primo scontro fra Batman e Dracula. L'uomo pipistrello torna a casa malridotto e capisce subito che Dracula ha una forza superiore alla sua, e niente può sconfiggerlo. Nel successivo vespro, al cimitero, Joker si incontra con Pinguino, e sbadatamente, anche lui apre la bara di Dracula, così viene morso e diviene anche lui un vampiro.

Il cuore di Kim è catturato da Eric che diventa il suo ragazzo. Lei non lo sa ma il suo migliore amico Ron prova qualcosa per lei…

Carltron Duquesne e Rupert Thorne stanno contrabbandando delle armi provenienti da Kasnia per conto di Oswald "Pinguino" Copplepot, quando vengono ostacolati da Batwoman, misteriosa Donna Pipistrello di cui neanche Batman era al corrente.

Ricche, viziate e insopportabili, le adolescenti Taylor e Courtney Callum vengono spedite dal padre a svolgere un lavoro estivo che possa insegnare loro a diventare più responsabili.