I en nærliggende fremtid, har den slitne Logan påtatt seg omsorgen for en skrantende Professor X fra et skjulested ved den mexikanske grensen. Men Logans forsøk på å gjemme seg fra samfunnet blir problematisk når han krysser vei med en ung mutant som blir forfulgt av mørke krefter.

Når en uventet fiende truer den globale sikkerheten, må Nick Fury - direktør for det internasjonale fredsbevarende byrået S.H.I.E.L.D. - finne ut hvem som kan redde verden fra randen av katastrofe. En dristig verdensomfattende rekruttering iverksettes.