2035. godine osuđeni James Cole nevoljko se dobrovoljno vratio u prošlost kako bi otkrio podrijetlo smrtonosnog virusa koji je izbrisao gotovo cijelo stanovništvo zemlje i prisilio preživjele u podzemne zajednice. Ali kad Colea pogrešno pošalju u 1990. umjesto u 1996., uhićen je i zatvoren u mentalnu bolnicu. Tamo upoznaje psihijatra dr. Kathryn Railly i pacijenta Jeffreyja Goinesa, sina poznatog stručnjaka za viruse, koji možda drži ključ misteriozne nevaljale skupine, Armije 12 majmuna, za koju se smatra da je odgovorna za oslobađanje od ubojite bolesti.
Obitelj Arpel živi vrlo suvremeno: njihova kuća opremljena je najmodernijim pokućstvom i najboljim kućanskim aparatima, a sve je besprijekorno čisto. No, njihov sinčić znatno više vremena provodi kod gospodina Hulota, svog neobičnog ujaka koji živi u staroj pariškoj četvrti u kojoj se djeca još uvijek igraju na ulici, a ulični prodavači prodaju kriške kruha namazane toplom čokoladom. Nezadovoljni Arpelovi pokušavaju maknuti ujaka iz života njihova djeteta pa će najprije Hulotu pokušati naći posao, a zatim i ženu...
Zemlja prije dvadeset tisuća godina. I dok većina životinja napušta svoja staništa i kreće prema toplijim južnim krajevima bježeći pred valom hladnoće i novim ledenim dobom, životom razočarani mamut Manfred odlazi u suprotnom smjeru. Neočekivano mu se pridruži pričljivi ljenivac Sid koji je jednostavno prespavao odlazak svoje vrste. Jedva trpeći društvo brbljavog i nespretnog suputnika, Manfred u rijeci spasi ljudsko dijete iz ruku majke utopljenice čije su pleme napali sabljasti tigrovi predvođeni okrutnim Sotom. Odlučivši pronaći djetetovog oca, Manfred i Sid zapnu za oko Sotovom pomoćniku Diegu koji im lukavo ponudi pomoć ne bi li se tako iskupio za ranije događaje…
Traumatizirana, ali odlučna Lily Bloom seli se u Boston nakon smrti svoga oca kako bi ostvarila svoj životni san i započela vlastiti posao. Uskoro upoznaje šarmantnog neurokirurga Rylea Kincaida s kojim dijeli neodoljivu kemiju. Tek nakon što se ludo zaljubi, Lily počinje otkrivati stranu Ryleove osobnosti koja je podsjeća na traumu iz djetinjstva. Da bi stvari bile još teže, u život joj se iznenadno vraća njena prva ljubav, Atlas Corrigan, a Lily će se morati uzdati u samu sebe kako bi donijela prave odluke za svoju budućnost…
Gotham Cityju ovaj put prijeti dvostruka opasnost - zločinački par koji čine Two-Face (Tommy Lee Jones) i Riddler (Jim Carrey). Two-Face je zapravo bivši odvjetnik Harvey Dent, koji je pogrešno uvjeren kako je upravo Batman (Val Kilmer) kriv za nezgodu u kojoj mu se lice na jednoj strani potpuno izobličilo. Svoje je snage udružio s kompjuterskim genijalcem Edwardom Nygmom (Jim Carrey), koji je kao Riddler usavršio stroj kojim će usisati sve znanje svih građana Gothama. Kako bi im se suprotstavio, Batman će trebati pomoć svoga novog partnera Robina (Chris O'Donnell).