מהו המטריקס? שאלה מצוינת. החיפוש אחר תשובה מוביל את ניאו ההאקר אל נבכי מחילת הארנב ואל האמת הבלתי נתפסת על העולם שהכיר.
בעתיד העולם נשלט ע"י מכונות, ולבני האנוש אין תקווה. עד שבחור בשם ג'ן קונור החליט להתנגד למכונות, הקים את המחתרת ולימד אנשים איך אפשר להביס את המכונות. כאשר סקיינט, הרשת ששולטת במכונות, מבינה את הסיכון בג'ון, היא שולחת רובוט מתוחכם לעבר כדי להתנקש בחייה של שרה קונור, האימא לעתיד של ג'ון קונור ובכך למנוע את תחילת המחתרת, אך המורדים לא מוותרים ושולחים חייל מהעתיד להגן על שרה - וכך מתחיל הקרב על העתיד.
מד"ב מדיטטיבי, דל תקציב ואינטליגנטי. סם רוקוול מגלם את דמותו של אסטרונאוט בודד – סאם בל - על תחנת כרייה של הליום 3, בירח. זה רק הוא – שכיר של תאגיד "לונאר" המפוקפק, והמחשב המדבר שלו, גרטי. אחרי שלוש שנים, וזמן קצר לפני חזרתו לכדור הארץ, מתחיל סאם להזות סיטואציות. נראה שמשהו ממש פסיכי קורה לו במוח, ואולי זה לא מקרי בכלל.
קנג'י קויסו יכול היה ליצג את יפן באולימפיאדת המתמטיקה, אבל זה לא קרה. במקום זאת, נאצוקי, הגדולה ממנו בשנה, הזמינה אותו לארבעה ימים של עבודת קיץ בבית משפחתה בנאגאנו. באותו זמן בדיוק מתרחשת תקלה בעולם הווירטואלי 'עו"ץ', המאיימת גם על העולם האמיתי, וקנג'י, בעל כורחו, נגרר לעניין.
המכונות שאחראיות על המטריקס שמו על הכוונת את ציון, המוצב האחרון שנמצא בשליטת בני האדם. עכשיו הצוות חייב להגן עליו.
בקומה ה- 13 של בניין משרדים, מנסים דאגלס הול והאנון פולר להביא את טכנולוגיית המציאות המדומה לשיא, וליצור בתוך שבב מחשב את לוס אנג`לס של שנת 1937, אך אז מתחילים דברים מוזרים להתרחש. עם הרצחו של פולר, נקלע הול למערבולת של רצח ומירמה כשפרשיה מסובכת ומסוכנת של חיים כפולים המתנהלים בין עולמות מקבילים נחשפת. סקרנותו של הבלש מקביין והעניין שמגלה וויטני (חברו של הול), במותו של פולר, מובילות לתוצאות הרות גורל.
ילד בן 12 נעלם ב-1978, רק בשביל להופיע שוב ב-1986. ב-8 השנים שעברו מאז שהוא נעדר,דייויד לא הזדקן. זה לא במקרה שבזמן שדייויד "חזר בזמן", צלחת מעופפת נמצאה בחוטי חשמל.
הסרט האחרון בטרילוגיית המטריקס מוצא את ניו חסר ההכרה לכוד בתחנת רכבת תחתית באזור שממוקם בין המטריקס לבין עולם המכונות.
שנת 1982 הייתה השנה בה עלתה לדיון סוגיית המציאות הווירטואלית בזכות הסרט פורץ הדרך של סטיבן ליסברגר. הפעם "טרון" חוזר עם עלילה דיסטופית שנשענת מעט על האסתטיקה של הסרט המקורי ומפתחת אותה לכיווני אנימציית מחשב מרהיבים. הצטרפו לבנו של גאון המחשבים קווין פלין, כשהוא נכנס לגריד על מנת לגלות את מה שאירע לאביו ולאווטאר שלו "קלו". קלו אמור היה להקים אוטופיה בעולם הווירטואלי, אך במקום זאת עשה הפיכה ותפס את השלטון באגרסיביות.
עשר שנים לאחר מאורעות הסרט "פסיפיק רים", תוכנית ה-"ייגר" הפכה לאמצעי ההגנה המשמעותי ביותר שידעה האנושות. דור אחר דור מצטרפים עוד שחקני חיזוק לתוכנית ה-"ייגר" כדי למנוע את אותן מאורעות שכמעט גרמו להכחדת המין האנושי. וכעת, החשש של בני האדם בעולם עומד להתקיים ובפתח מלחמה עקובת מדם, האם תוכנית ה-"ייגר" תעשה זאת שוב?
בעתיד הקרוב, חיל-האוויר פיתח מטוס קרב שמוטס ע"י מחשב של אינטיליגנציה מלאכותית. המטוס ממוקם על נושאת מטוסים באוקיינוס השקט כדי ללמוד על צורת קרבות מהטייסים האנושיים שליד. אבל כשהמחשב מפתח צורת מחשבה משלו, בני-האדם לוקחים את הפיקוד כדי לעצור את המחשב לפני שהוא יפתח במלחמה.
השנה היא 2074, תאגיד "פינוויל" מצליח ליצור רובוטית כמעט אנושית, קאסלה ריס, קאש, המתוכננת בכדי להקסים ולפתות את דרכה אל תוך המפקדה של תאגיד מתחרה ואח"כ להשמיד את עצמה. העניינים מסתבכים כאשר הרובוטית מתחילה להרגיש רגשות אנושיים כלפיי קולסון ריקס, קולט 45, המאמן האישי והמומחה בהדרכת אמנויות לחימה של התאגיד. קולסון מתאהב אף הוא בקאש, והם מנסים להימלט מידו הארוכה של התאגיד, ששולח אחריהם את צייד הרובוטים דני בנץ'. אנג'לינה ג'ולי כמו שאף פעם לא ראיתם בתפקיד האישה הביונית: מרביצה, לוחמת, וגם מככבת בסצנת סקס לוהטת.