Un an après les événements de la première saison, un Digimon virus appelé Diaboromon apparaît et commence à attaquer Internet. Les enfants et leurs Digimon s'unissent à nouveau pour l'empêcher de détruire tous les réseaux de communication de la planète.

Pour se disculper, un chevalier accusé d'un crime tragique fait équipe avec une adolescente bagarreuse et métamorphe qui pourrait bien être le monstre qu'il a juré de détruire.

Deux enfants reçoivent un œuf étrange qui va faire naitre leur tout premier Digimon, conduisant à la nuit qui allait changer leur vie à jamais.

Tous les soirs, une fille, un garçon et un vieux technicien se retrouvent dans un petit cinéma qui semble abandonné, mais qui est plein de merveilles. Les trois amis inventent, se documentent, dessinent, se déguisent. Et ils jouent toutes les histoires dont ils ont envie dans une nuit magique où tout est possible...

Meicoomon se déchaîne après avoir vu Meiko Mochizuki se faire blesser par l'homme ressemblant à Gennai. « Il aurait mieux valu que tu ne naisses pas… » Meicoomon disparaît dans le monde réel, qui s'est depuis déformé. Possédant un pouvoir écrasant, il est la clé de la destruction du monde.

L'histoire se passe aux États-Unis. Wallace est un Digisauveur qui vit aux USA, mais contrairement aux autres enfants, il possède deux Digimons. Malheureusement, l'un d'entre eux a été contaminé par un virus, le rendant peu à peu maléfique. Quelques années plus tard, Hikari et Takeru sont en voyage à New York quand Hikari ressent une étrange présence. Les adolescents tombent nez à nez avec le Digimon maléfique, puis sur Wallace qui semble être le seul capable de l'arrêter. Les Digisauveurs japonais vont alors se rassembler pour l'aider.

La vie est belle dans le village féerique de Nix... Jusqu'à l'apparition d'un monstre devore-tout. Le jeune Willy doit le combattre. Seul.

Dans le Paris inondé de 1910, un monstre sème la panique. Traqué sans relâche par le redoutable préfet Maynott, il demeure introuvable… Et si la meilleure cachette était sous les feux de « L’Oiseau Rare », un cabaret où chante Lucille, la star de Montmartre au caractère bien trempé ?

Deemo est un être mystérieux qui vit seul dans un château et joue du piano pour lui-même. Un jour, une petite fille qui a perdu la mémoire tombe du ciel et rompt sa solitude. Deemo décide de tout faire pour l'aider à regagner son monde. Alors qu'il cherche un moyen de la renvoyer dans le ciel, Deemo remarque un arbuste qui pousse quand il joue de la musique. Si Deemo parvient à en faire un arbre, juste assez grand pour atteindre la fenêtre du ciel, alors peut-être pourra-t-elle regagner sa maison. Lors de leurs interactions, Deemo découvre ce qu'avoir un ami signifie. Qu'est-ce qui attend nos deux protagonistes une fois que la petite fille retrouvera la mémoire ? Découvrez le conte touchant et plutôt étonnant de ces deux amis.

Le monde a commencé à s'effondrer. Le déchaîné Meicoomon absorbe Tailmon, qui a subi une sombre évolution, et se transforme en l'immensément puissant Ordinemon. Conformément aux prévisions d'Yggdrasil, le monde réel est sur le point d'être englouti par le monde numérique. Pendant ce temps, l'homéostasie considère qu'Ordinemon est hors de contrôle et met en place son plan final qui englobera le monde réel. Le temps est venu pour les DigiDestinés de prendre une décision finale. Quel avenir choisiront-ils pour eux-mêmes ?

Sylvester dort sur le rebord d'un grand bâtiment. Il se trouve juste à l'extérieur de la fenêtre du laboratoire et du bureau du Dr Jekyll, à gentillesse, qui est montré entrer au laboratoire, buvant une formule Hyde et se transformant brièvement en un alter-ego monstrueux et maladroit. Sylvester entend le rire et se réveille effrayé, mais quand il regarde à l'intérieur de la fenêtre, il ne voit que le Jekyll ré-transformé en partant du laboratoire. Sylvester le rit et reprend son sommeil.

Un humanoïde high-tech, chargé de ramener des informations nécessaires à la survie de l’espèce humaine, est plongé dans les angoissants sous-sols d’un monde post-apocalyptique, peuplé de créatures répugnantes et agressives.

Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…

Henry Howard est un scientifique idéaliste : il travaille sur un sérum destiné à améliorer les performances du corps humain, et se prépare à épouser Hannah, la fille de son employeur le général Darwin. Mais l'expérience scientifique tourne au drame quand Henry se transforme en monstre mauve...