UFO가 지구에 접근하자 이를 발견한 관측소의 과학자들은 즉시 정부에 알린다. 워싱턴을 계속 하강하는 UFO와 전군에 내려진 비상 계엄령. 탱크를 비롯하여 중화기로 무장한 군대가 UFO의 도착 예정지를 향해 출동한다. 마침내 UFO는 워싱턴의 한 공원에 착륙하고 이를 포위한 군대는 발포 준비를 한다. 이때 UFO에서 한 남자가 걸어 나와 무장을 해제하고 그들에게 대화를 요구한다. 그러나 한 군인이 당황하여 총을 쏘고 부상을 당한 외계인은 자리에 쓰러진다. 이때 UFO에서 나와 무장군인들을 향해 광선을 발사하는 로봇 한순간에 탱크를 비롯한 무기들이 녹아 내리고 UFO를 둘러싸고 있던 군중들은 혼비백산하여 도망간다. 다시 로봇이 무기를 빼앗긴 군인들을 향해 광선을 발사하려 하려는 순간 이를 저지하는 외계인. 곧이어 앰블 런스가 달려오고 그는 군인병원으로 호송된다. 그날밤, 외계인은 백악관에서 찾아온 사람들에게 대통령과의 면담을 요청하지만 그뜻이 무시당하자, 외계인은 병원을 탈출하는데...

UFO로 추정되는 존재들이 세계 곳곳에 남긴 흔적들이 발견되고 일단의 과학자들이 이를 추적하는 가운데, 인디아나에 사는 로이는 정전을 조사하다 우연히 UFO를 목격한다. 그 날 이후 로리는 UFO에 관한 기사를 모으고, 희미하게 머리 속에 떠오르는 형상을 찰흙으로 빚기도 한다. 한편 전세계의 과학자들은 라콤 박사의 지도하에 외계인과 통신할수 있는 음악 코드를 개발하고 그들과의 접촉을 시도한다. 그 위치는 와이오밍에 있는 데블스 타워였고, 정부는 비밀 유지를 위해 지역 주민들을 모두 대피시킨다. 뉴스를 통해 이를 알게 된 로니는 봉쇄된 도로를 뚫고 데빌스 타워로 향하는데...

7월 2일, 이상한 현상이 지구를 감싼다. 하늘은 이글이글 불타오르고 땅은 지진이 난 듯 격렬히 요동친다. 직경 550km, 무게가 달의 4분의 1이나 되는 거대한 괴 비행물체가 태양을 가려 지구는 그 빛을 잃어간다. 숨막히는 공포가 세계의 주요도시를 엄습하기 시작한다. 7월 3일, 거대하고 기괴한 비행물체에서 내뿜는 가공할 위력의 불기둥은 뉴욕의 마천루와 워싱턴의 백악관, 이집트의 피라밋 등을 순식간에 잿더미로 만들고, 거리의 자동차들은 휴지조각처럼 공중을 날아다닌다. 사람들은 당황하여 숨을 곳을 찾지만 도망칠 곳은 아무데도 없다. 인간의 힘으로 감당할 수 없는 엄청난 힘이 지구에 도달했음이 밝혀진다. 그들의 목적은 완전한 지구의 파멸. 7월 4일, 엄청난 파괴 속에서 살아남은 지구의 생존자들은 그 힘을 모아 거대한 괴비행물체에 대항하려 한다. 그러나 외계인들의 지구파괴는 더욱 맹렬해지고 인류 전체의 생존과 외계인으로부터 지구의 독립은 점점 어려워지는데.

달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더(데이빗 듀코브니 분)와 스컬리(질리안 앤더슨 분)는 폭발 사고를 조사하던 중 이해 할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연류되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다. 그러나 두 사람의 육감적인 느낌은 사건의 실마리를 얻게 되고 집요한 추적 끝에 은밀한 곳에서 외계인의 실체와 그들에게 감염된 사람들을 치료하기 위해 백신을 연구하는 시설을 발견하게 된다. 보이지 않는 세력에게 쫓기면서도 서로에게 의지하며 사건을 파헤치던 멀더와 스컬리는 점점 파트너 이상의 감정을 느끼게 되는데, 이때 거대한 벌떼의 습격으로 정신을 잃게된 스컬리는 정체 모를 집단에게 납치당한다. 이제부터 멀더는 스컬리의 생명을 구하고 정부의 감추어진 음모를 밝혀내야 하는 상황 속에서 멀더는 더 큰 음모와 위험한 모험 속으로 빠져들고 있음을 느낀다.