Shelter erzählt die Geschichte von Rin, einem 17-jährigen Mädchen, welches ihr Leben in einer Simulation verbringt, die komplett von ihr gesteuert wird. Sie lebt in einer sogenannten „Virtual Reality“, welche sie mit einem Tablet komplett steuert ‒ es scheint als wäre ihre Welt nur für sie gemacht.

In Richtung eines Pokémon Theme Park führt es Ash, Misty und Rocko, sowie deren Pokémon. Pikachu bekommt den Auftrag sich um Togepi zu kümmern. Ash, Misty und Rocko hinterlassen ihre Pokémon im Pokémon-Ferien-Park. Rockos Kleinstein, Zubat, Vulpix und sein Onix, Mistys Sterndu und ihr Goldini, sowie Ashs Tauboga und Glurak stürmen zum Spielen auf das Parkgelände. Kaum durch das Eingangstor werden Pikachu, Bisasam, Schiggy, Enton und vor allem Togepi überrannt. Togepi beginnt zu weinen und Pikachu, Enton, Bisasam und Schiggy versuchen es zu trösten. Schlussendlich gelingt es Schiggy mit einem Apfel, doch dieser wird zuvor von Enton verspeist und das Geweine beginnt von vorne. Bisasams Idee mit einem Rankenhieb Togepi zu schaukeln, zeigt seine Wirkung und Togepi ist überglücklich.

Während die meisten der kleineren Pokémon ein Nickerchen machen, wacht Togepi plötzlich auf. Nachdem es eine Gruppe fliegender Pokémon gesehen hat, findet es sich getrennt vom Rest der seiner Freunde. Pikachu, Bisasam, Schiggy, Bluzuk, Marill und Enton machen sich auf die Suche nach Togepi. Dort treffen sie auf Elekid, der sie zu einer Gruppe von Owei führt. Jedoch einem von ihnen ein Ei und glaubt, dass Togepi ihr fehlender Teil ist. So muss die Bande reisen, um das fehlende Ei zu finden, und einen Sturm ertragen, der Togepi und die Owei wegwehen könnte.

Das Amulett ist ein Stumm-Kurz-Krimi welcher in den 1920er Jahren spielt. Ein Dieb bestielt einen Juwelier. Dieser Erdenkt sich mit Hilfe zweier Detektive eine Falle um den Dieb zu stellen.