بعد ان هجره مالكه السابق، يتعاون كلب وحيد مع مجموعة من الكلاب الضالة; من أجل تنفيذ مخطط انتقامي من من تسبب في تشريده.
يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، يحاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا.
يكشف الفيلم أسرار أكثر الطيور المثيرة والغامضة خلال لعبة التجسس العالمية، حيث أن (سكيبر، كوالسكي، ريكو وبرايفت) عليهم أن يلتحقوا بمنظمة التجسس الأنيقة نورث ويند، والتي يقودها العميل السري الذي لا يجب البوح باسمه، وذلك من أجل منع دكتور أوكتافيوس براين الشرير من السيطرة على العالم.
إستكمالاً لأحداث الجزء الأول، تحاول الحيوانات العودة إلى موطنها في نيويورك، ومنهم الأسد (أليكس) بعد أن تخلى عن طبيعته المفترسة، لكن تسقط الطائرة التي صنعها البطاريق في إحدى المحميات في أفريقيا، يلتقي فيها الأسد (أليكس) بعائلته، ويحاول إثبات نسبه الملكي بالصراع مع (مكونجا)، في الوقت ذاته تكون الزرافة (ميلما) هي الطبيب الساحر الجديد، في الوقت الذي تحاول فيه البطاريق صنع طائرة جديدة للعودة إلى نيويورك.
القصه تدور حول فرخ دجاج يحمي كوكب الارض من غزو فضائي
القوارض المغنية "ألفين والسناجب" تقابل مديرها المستقبلي، مؤلف الأغاني المتعثر "دافيد سيفيل"، مما سيغير حياتها إلى الأبد.