A história começa quando um novo DigiTama é encontrado na internet, e consegue penetrar em quase todos os sistemas de computador no Japão. Quando o ovo choca, é identificado como uma nova espécie de Digimon, um tipo de vírus. Sustenta-se pela ingestão de dados de diversos sistemas, e conforme consome mais e mais dados, ele continua a evoluir. Nesse momento, Taichi e Koushiro decidem que é hora de dar um jeito na situação.

Um general norte-americano louco, Jack D. Ripper, obcecado pelo medo de que os comunistas estejam a sabotar as reservas de água potável dos EUA, resolve lançar vários bombardeiros com armas nucleares contra a Rússia, num ataque sem ordens nem provocação prévia. Informado do incidente, o presidente dos EUA reúne-se no Pentágono com os seus generais e comandantes para evitar o pior, descobrindo que os russos também não têm o controlo completo dos acontecimentos, e que pode ser já tarde demais para evitar o holocausto nuclear.

Nove seres humanos normais de diferentes partes do mundo são sequestrados e transformados em ciborgues com poderes surpreendentes, criados com o propósito de serem usados como armas. Os nove ciborgues rebeldes começam a lutar contra os seus criadores, em nome da justiça e da paz no mundo. Décadas mais tarde, os nove ciborgues aparecem sem alterações pelo tempo, mas eles vivem em um mundo onde a “justiça” tem tantas nuances quanto o número de pessoas que vivem no planeta. Qual será o lugar deles no mundo agora?

Depois de "Capitão América: Guerra Civil", Scott Lang tem de lidar com as consequências das suas escolhas como super-herói e pai. Enquanto luta para equilibrar a vida pessoal e as suas responsabilidades como Homem-Formiga, é confrontado por Hope van Dyne e Dr. Hank Pym com uma nova missão. Scott terá uma vez mais de vestir o fato de Homem-Formiga e aprender a lutar ao lado d' A Vespa, enquanto a equipa trabalha em conjunto para descobrir segredos do passado.