Μετά από εκατοντάδες μοναχικά χρόνια κάνοντας αυτό για το οποίο φτιάχτηκε, το περίεργο και αξιαγάπητο ρομπότ Γουολ-Υ ανακαλύπτει έναν νέο σκοπό στη ζωή όταν συναντά ένα κομψό ρομπότ που ονομάζεται Εύα.
Απο τότε που δημιουργήθηκε ο άνθρωπος, κυριαρχούσε στον πλανήτη μας... όταν όμως, γιγάντια έντομα εισβάλλουν στην Γη με σκοπό να αφανίσουν το ανθρώπινο γένος, οι κανόνες αλλάζουν! Μια ομάδα εκπαιδευμένων στρατιωτών αναλαμβάνει μια πολύ δύσκολη, διπλή αποστολή: Να εξοντώσουν τους "εισβολείς" και να σώσουν τον πλανήτη απο την ολική καταστροφή!
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Το "Degeneration" συνεχίζει εφτά χρόνια μετά τα γεγονότα που συνέβησαν στην Raccoon City όπως διαδραματίζονται στα παιχνίδια. Ο λιμός των Ζόμπι έχει σταματήσει... ή μήπως όχι; Όχι ακριβώς επειδή αυτό που εμφανίζεται για ένα γεύμα στο αεροδρόμιο, μοιάζει πολύ με ζόμπι. Αλλά αυτή την φορά η Εταιρία Umbrella έχει διαλυθεί, ποιος λοιπόν θα μας σώσει; Εντάξει, δεν ήταν η Umbrella που μας έσωσε την προηγούμενη φορά αλλά φαινόταν να έχουν πολλούς Κομμάντο που θα πολεμούσαν τα ζόμπι και αυτό είναι πάντα καλό όταν είσαι περιτριγυρισμένος από τους Απέθαντους.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Έτος 2274 κι επιφανειακά η κοινωνία είναι τέλεια. Κλεισμένοι από έναν τεράστιο θόλο, οι κάτοικοι έχουν ελάχιστη ως καθόλου εργασία κι απλά απολαμβάνουν τη ζωή τους. Όμως, όταν κάποιος φτάνει τα 30, μέσω μια θρησκευτικής τελετής η ζωή τερματίζεται. Κάποιοι, γνωστοί ως «δρομείς», αντιστέκονται αλλά υπάρχει ασφάλεια που τους βρίσκει και τους εξοντώνει. Ένας από τους κατοίκους, ο Λόγκαν, παίρνει εντολή να κάνει τον δρομέα, να βγει από τον θόλο και να βρει τρόπο να εξοντωθεί η αποικία των επαναστατών. Όταν, όμως, φτάνει εκεί μαζί με μια βοηθό του, βλέπει πως άλλος είναι ο ιδεατός κόσμος.
Σε έναν μελλοντικό κόσμο, οι νέοι εθίζονται όλο και περισσότερο σε ένα video game εικονικής πραγματικότητας που ονομάζεται Avalon (παράνομο και μερικές φορές θανατηφόρο). Μία από τις καλύτερες παίκτριές του, η Ash ακούει κάποιες φήμες ότι υπάρχει κάπου μέσα στο παιχνίδι ένα προηγμένο level, το οποίο βάζει στόχο να εντοπίσει και να επισκεφτεί. Αφήνει την μοναχική της πορεία λοιπόν και δημιουργεί μια ομάδα παιχτών προκειμένου να επιτύχει τον στόχο αυτόν. Όταν όμως βρει την είσοδο προς το level αυτό και την διαβεί, θα μπορέσει άραγε να επιστρέψει στην πραγματικότητα;
Καθώς το τέλος πλησιάζει αμείλικτα, οι τελευταίοι άνθρωποι, που ζουν εκατομμύρια χρόνια στο μέλλον, στέλνουν ένα μήνυμα στην ανθρωπότητα του παρόντος, το οποίο είναι ταυτόχρονα έκκληση για βοήθεια και προειδοποίηση, αλλά και μια επική ιστορία εξέλιξης, παρακμής και ελπίδας.
Λος Άντζελες, 2028. Οι δρόμοι είναι αδιαπέραστοι καθώς εξελίσσεται η πιο βίαιη εξέγερση στην ιστορία της πόλης. Μέσα στο απόλυτο χάος, μία συμμορία ληστών τραυματίζεται από πυρά αστυνομικών. Η μόνη ελπίδα είναι το Hotel Artemis, ένα νοσοκομείο τελευταίας τεχνολογίας αποκλειστικά για εγκληματίες με αυστηρούς κανόνες και ιδιοκτήτη έναν αρχιμαφιόζο. Η Νοσοκόμα διοικεί το μέρος για 22 χρόνια και μπορεί να γιατρέψει ακόμα και τα πιο δύσκολα περιστατικά. Την ίδια νύχτα έχουν κάνει τσεκ ιν μία λάγνα Γαλλίδα δολοφόνος, ένας ναρκισσιστής έμπορος όπλων, ενώ ο ιδιοκτήτης και ο εκρηκτικός γιος του κατευθύνονται προς τα εκεί. Επίσης, ένας τραυματισμένος αστυνομικός που ικετεύει τη Νοσοκόμα να τον δεχτεί, πράγμα που παραβαίνει τους κανόνες που τηρούνται ευλαβικά 22 ολόκληρα χρόνια.