סרט סמוראים יפני קלאסי המתרחש ביפן בשנת 1840, בעשורים האחרונים של תקופת השוגון טוקוגאווה. אחיו הסידיסטי למחצה של השוגון, לורד מאטסודאירה נאריטסוגו, מקלאן האקאשי, הוא שליט רשע אשר אונס, מענה ורוצח. נאריטסוגו נהנה מאוד מאקשן ומלחמות, הוא רוצה להחזיר את יפן מאה שנים לאחור, תקופה של מלחמות בין שליטים, כפרים, סמוראים, נינג'ות ובנדיטים, תקופה של תוהו ובוהו שבה הוא יהיה הקיסר, תפקיד שבקרוב יקבל ורק אז הוא יוכל להגשים את המשאלה שלו. שר בכיר בשוגון, אשר רודף צדק, מבין שאם הלורד יגיע לדרגות גבוהות יותר, השלום ששרר ביפן כבר שנים עלול להיפסק. הוא מחליט לגייס את הסמוראים הטובים ביותר שלו (13 לוחמים סה"כ) ולצאת כנגד השליט ולעצור אותו לפני שיגיע לקידום תפקידו. שפת הסרט: יפנית.
הסרט 39 המדרגות מבוסס על ספרו של ג'ון באקן ועוסק בקנדי תמים, ריצ'ארד האני שמסתבך במזימת ריגול ופיגוע ומואשם בפשע שלא ביצע. הוא נמלט ברחבי סקוטלנד מסוכני אוייב ומשטרה ומנסה לגלות מהו המושג "39 המדרגות" ששמע מפי סוכני האוייב. הגרסה המופרסמת משנת 1935 היא של אלפרד הי'צקוק הידוע אבל הגרסה השלישית משנת 1978 עם רוברט פאול נאמנה יותר למקור הספרותי.
מספר משפחות הנופשות בחוף מבודד וקסום, נחרדות לגלות כי השהות בחוף גורמת להן להזדקן במהירות. כעת מנסות המשפחות המבועתות לברוח מהחוף, אך המשימה לא פשוטה כל כך.
זהו המשך לסרט הקודם בסדרה. הפעם ריי ליוטה סוכן במחלקת הסמים חובר אל סוכן במחלקת הרצח במטרה לחקור את רצח השותף שלו לשעבר. בדרך מתגלים כמה סודות אפלים מן העבר והעלילה מסתבכת.