Skrivnostni umor raziskujejo trije različni policisti, od katerih ima vsak svoj način in metode iskanja resnice. Skupno pa jim je, da ne oklevajo pri tem, da bi uporabili vsa sredstva, da bi le prišli do želenega cilja...

V filmu, posnetem po resničnih dogodkih, sledimo ustvarjalcu stripov Robertu (Gyllenhaal), ki v svojem delu za časopis ne vidi pravega izziva. Sprememba nastopi, ko se v mestu pojavi skrivnostni morilec, ki pri vsaki žrtvi pusti nenavadno sporočilo, ki ga nihče ne more razvozlati. Toda Robert je že od nekdaj reševal podobne uganke, zato razreši šifro in kmalu postane povsem obseden s primerom, nad čemer policija ni navdušena, še manj pa njegova partnerica. Robertu postane jasno, da ne gre zgolj za zabavno igro, ko Zodiak, kot se morilec poimenuje, z njim vzpostavi neposreden stik.

Zakaj ga zasledujejo najeti morilci? Kdaj se je izuril v borilnih veščinah in kako je mogoče, da tekoče govori več jezikov? Odgovori na ta vprašanja vam ne bodo dali miru in vas bodo osupnili v sijajnih akcijskih prizorih na čudovitih evropskih prizoriščih. Njegova edina sled o lastni identiteti je bančni račun na kapsuli, vsajeni pod kožo. V sefu banke sredi Zuricha najde denar, orožje in osebne dokumente. Potem ko ga na ameriškem konzulatu preganjajo varnostniki, Bourne ugotovi, da ne more zaupati nikomur. Nemški ciganki po imenu Marie (Franka Potente) ponudi 10 000 dolarjev za prevoz do Pariza. Na poti sreča še več poklicnih morilcev, ki mu strežejo po življenju, medtem pa se prepriča o lastni spretnosti v borilnih veščinah, bojevanju in znanju jezikov – priročne veščine, ki kažejo na njegovo vohunsko preteklost in morilsko izurjenost – ampak za koga je delal? Z Mariejino neprostovoljno pomočjo se Bourne dokoplje bližje resnici, ki jo skušajo agenti CIE za vsako ceno utišati.

Potem, ko mu je skrivna agencija vzela identiteto, spomin in ljubljene osebe, se skrivni agent Bourne vrača še v tretje, da bi dokončno obračunal z ljudmi, ki so mu uničili življenje, in ki ga še vedno skušajo za vedno utišati. V iskanju odgovorov ga sled pripelje do zvedavega novinarja Rossa, ki prav tako postane tarča neusmiljenega vladnega predstavnika Noaha. Ta v lov za ubežnikoma pošlje odločno agentko Pamelo, po življenju pa jima streže tudi okrutni morilec Paz, toda vpleteni se ne zavedajo, da je Bourne najbolj nevaren prav takrat, ko ga pričnejo stiskati v kot.

Pred dvema letoma je Jason Bourne odkorakal v neznano in pustil preteklost za sabo. Zdaj pa se preteklost vrača. Bourne in Marie sta uspela živeti neopazno, nevpadljivo, izven vsakega sistema. Selila sta se iz kraja v kraj, da bi bila neprestano korak pred morebitno grožnjo, ki jo Jason Bourne, stalno pod vtisom raztrganih in nerazložljivih nočnih mor, vidi v pogledu vsakega neznanca, v vsakem telefonskem klicu, ki se konča z "Oprostite, napačna številka." Ko se v zaspani indijski vasici, kjer sta si spet za nekaj časa ustvarila dom, pojavi neznani agent, jima ne preostane drugega, kot da zbežita. Žal jima ne uspe. Bourne se mora posloviti od mrtve Marie. Prišel je čas, da izpolni obljubo. Nekdanjim nadrejenim je obljubil, da jih bo našel in obračunal z njimi, če ju ne pustijo na miru. Morali bi ga poslušati.

Norman in Claire sta videti povsem običajen par; je profesor genetike in ona je gospodinja. Praznina, ki jo je Claire zapustila zaradi hčerinega odhoda na fakulteto, zanjo postaja sekundarna skrb, saj se v hiši skrivnostno začnejo dogajati nenavadni dogodki. Predmeti padajo, vrata se odpirajo sama od sebe, radijski sprejemniki se vklopijo, ne da bi se jih kdo dotaknil ... Claire misli, da hišo preganja duh, in se odloči potopiti v ta nenavaden dogodek.