A második rész a NERV sarkvidéki bázisán, a Bethany Base-en kezdődik. Rögtön az anime elején megismerhetjük az új szereplőt, Makinami Mari Illustrious-t, az új EVA UNIT-05 pilótáját, aki a bázis alatt harcol a Harmadik Angyal ellen. Eközben Japánban Ikari Shinji édesanyja sírját látogatja meg apjával. Útközben hazafelé Misatóval értesülnek a Hetedik Angyal támadásáról, miközben a UNIT-02 légi úton megérkezik Németországból, és rögvest felveszi a harcot az Angyallal. Pilótája a Second Children, Shikinami Asuka Langley százados. Vele egyidőben Ryoji Kaji is megérkezik
A történet az élőhalottas filmekhez képest meglehetősen eredetire sikeredett. Adott a két főszereplőnk: George a pofátlanul arrogáns és beképzelt angol jampi, valamint Edna, a kedves bájos fiatal hölgy. Utóbbi drogfüggő testvérének, előbbi hétvégi házának meglátogatására készül. Azonban egy félúton lévő benzinkútnál hőseink útja keresztezik egymást, ugyanis Edna lezúzza George motorját. George persze ezek után teljesen egyértelműnek veszi, hogy Edna elviszi a kocsiján a házához, majd a lány hathatós könyörgésé után mégiscsak belemegy, hogy elkísérje Edna-t a húgához, egy közeli házba. Útjuk során belebotlanak egy különös kombájnszerű gépbe, és egy csapat mezőgazdászra, akik egy teljesen új sugárzásos eljárás segítségével próbálják a terményt veszélyeztető kártevőket kiirtani. Mivel a gépezet, az alacsonyabb szintű idegrendszer stimulálására lett kifejlesztve, ezért amolyan mellékhatásként a halottak is feléleszti.
Az Úr elveszti hitét az emberiségben, megelégeli bűneit. Gábriel arkangyal vezetésével leküldi a Földre az angyalok légióját, hogy pusztítsák el az emberi fajt. A mennybéli sereg azonban nem várt ellenállásba ütközik. Az emberiség egyetlen reménysége az új-mexikói sivatag egyik pihenőhelyén dolgozó, illetve veszteglő néhány emberben van, akik akaratlanul is az apokalipszis frontvonalában találják magukat. Szerencsére Mihály arkangyal a segítségükre siet. Hamarosan kiderül, hogy feladatuk a várandós pincérnő védelme, aki a második Messiást, az emberiség utolsó reményét hordja a szíve alatt.
Hat fiatal arra készül, hogy egy igazán pörgős hétvégét töltsenek Lovelockban. Tervük meghiúsul, amikor a motelben holtan találják a tulajt és a szakácsot. A csapatot ezután még nagyobb meglepetés éri: a motel fogságában rekednek. Hamarosan mindegyikőjük számára világossá válik, hogy ez még csak a kezdet. Az igazság vérfagyasztó: az egész várost átitatja a megfoghatatlan gonosz jelenléte.
Egy új lány érkezik az iskolába, ahol nem sokkal később egy leendő jó barátja „Sayaka”, meginvitálja a helyi úszócsapatba, ő azonban irtózik a víztől. Mindeközben egy új vírus üti fel a fejét az intézményben, ami ellen azonnali védőoltás szükséges. Ez azonban mind csak álca, éppen az oltás az, aminek hatására megvadulnak az emberek, míg végül elszabadul a pokol. Csupán néhány ember nem változik át, köztük „Aki” az új lány, a megoldást kutatva rájön, sokkal több köze van a történtekhez, mint azt gondolná.
A szereplők saját magukat filmezik, miközben odakint tombol a járvány, és szép lassan mindenki átváltozik.