دههٔ ۱۹۳۰ مأموران اطلاعاتی به باستان‌شناس و ماجراجوی آمريکايی، «اينديانا جونز» (فورد)، می گويند که «هيتلر» در پی يافتن "صندوق مقدس" گم شده است تا از آن برای مقاصد سلطه جويانه اش استفاده کند. آنان از «جونز» می خواهند تا صندوق را پيدا و به آمريکا بياورد.
«ایندیانا جونز» (فورد) پروفسور باستان شناسی است که برای برگرداندن اشیای تاریخی به موزه‌ها می‌جنگد. مجموعه داری ثروتمند به نام «والتر» (گلاور) به او می‌گوید که پدرش «دکتر جونز» (کانری) متخصص قرون وسطی، در میانه‌ی جست و جو برای یافتن جام مقدس ناپدید شده است و «ایندی» سعی می‌کند جای او را پیدا کند.
بعد از اینکه «ایندیانا جونز» به هند می‌رسد، ساکنین یک دهکده از او می‌خواهند یک سنگ افسانه‌ای را پیدا کند. او درخواست آن‌ها را می‌پذیرد و ...
دکتر «هنری ایندیانا جونز» باستان شناس معروف، پس از سال ها، برای برملا کردن رازی که در پس یک شی باستانی معروف به جمجمه بلورین است، دوباره وارد عمل می شود.