In occasione delle vacanze invernali, una fortunata vincita porta Sakura e i suoi amici nella misteriosa Hong Kong. Qui il gruppo farà la conoscenza della antica famiglia del piccolo Shaoran Li. ma dovrà anche affrontare una nuova sfida e scontrarsi con la Madoushi, una veggente che era stata respinta da Clow Reed del quale era innamorata.

Dopo aver inavvertitamente toccato il Grimoire di Lilith, Hermes Apocrypha, Arata viene avvolta da una luce bianca ed una ragazza compare davanti ai suoi occhi. La ragazza dice di chiamarsi Lilim, e tratta Arata e Lilith come fossero suoi parenti; nel frattempo, la Libreria Eterna si risveglia, liberando il White Demon Lord, culmine finale dell'alchimia lì imprigionato. Lo scopo del White Demon Lord è quello di eliminare Arata e le Trinity Seven e diventare il Demon Lord. L'attacco del White Demon Lord scatena una crisi in grado di distruggere il mondo, se Arata e le Trinity Seven non riusciranno a sconfiggerlo.

L'anno 2015 d.C. L'ultima era in cui la magia ha ancora prosperato. La Chaldea Security Organization è stata fondata per concentrarsi sulla conservazione della continuazione della storia umana. Osservano un mondo che la magia non potrebbe osservare e la scienza non potrebbe misurare tutto per impedire l'estinzione certa dell'umanità. Ma un giorno, il futuro che Chaldea ha continuato a osservare scompare e l'estinzione dell'umanità nel 2017 diventa chiara. Anzi, era già successo. La causa sembra essere correlata a Fuyuki, una città di provincia in Giappone, nell'anno 2004 d.C. Lì appare una "regione non osservabile" che prima non esisteva. Basandosi sul presupposto che Fuyuki sia la ragione dell'estinzione dell'umanità, Chaldea emette un ordine per esplorare, indagare e possibilmente distruggere questa singolarità: una ricerca del Santo Graal, il Grande Ordine.

Luca segue le orme del padre nel tentativo di salvare la madre dal perfido Skriterioska. L’unica speranza è trovare l’eroe leggendario che brandisce la spada zenitiana.

Iria è una bellissima cacciatrice di taglie, proveniente da un altro pianeta, che arriva sulla Terra per portare a termine la propria battaglia con Zeiram, una invincibile creatura aliena. Insieme a due terrestri, gli elettricisti Kamiya e Teppei, Iria e Zeiram rimangono intrappolati in una dimensione parallela chiamata la "zona", e dotati di un tempo limitato per concludere la propria battaglia.

Nelle grandi città c'e' un luogo accessibile solo ai bambini, nel quale possono giocare ad un 'nascondino' particolare, magico e terribilmente pericoloso. Si dice che nessuno di essi sia mai tornato indietro e che le loro anime vengano catturate dai demoni che lo popolano. Quando in sette, con il viso coperto da una maschera, si raggruppano in quel luogo misterioso la partita ha inizio... Ma per quale motivo partecipare ad un gioco tanto rischioso? C'e' chi lo fa per spacconaggine, chi per sfida e chi per ritrovare una persona cara... ma la leggenda parla chiaro, nessuno do loro, probabilmente, tornerà indietro.

Yoji è segretamente innamorato di Sachiko. Una sera, dopo aver trovato una strana armatura piovuta dal cielo, il ragazzo salva la giovane da un'aggressione, ma rimane ferito. Sachiko lo porta a casa sua e lo cura. Mentre i due si dichiarano vicendevolmente amore, l'armatura trovata da Yoji prende improvvisamente vita e, grazie ad alcune braccia meccaniche, impianta un mostriciattolo nel corpo di Sachiko.

Corre l'anno 2036 e i progressi della scienza medica hanno drammaticamente cambiato il volto della società giapponese. Nanomacchine, collegate al sistema SHELL, difendono e riparano il corpo umano, garantendo un'aspettativa di vita che superi il secolo. I pochi privilegiati che possono permetterselo vivono all'interno di un'area protetta, pulita e sicura, mentre i più sfortunati vivono in zone caratterizzate da inquinamento, superlavoro e disconnessione dallo SHELL. In tale contesto, il giovane artista Youzou, tormentato da anomale ed inquietanti visioni, non può nemmeno uccidersi: le nanomacchine sono pronte continuamente a rianimarlo...

Gli eventi di questo film si svolgono nel lasso di tempo che intercorre fra Sakura Wars 3 e Sakura Wars 4. Lachette Altair viene spedita nella capitale dell'impero, Tokyo, da New York per lavorare insieme alla Flower Division, corpo speciale delle forze di assalto imperiali, per sostituire il comandante del gruppo, Ichiro Ogami, che invece si trova a Parigi. Nel frattempo, Douglas-Stewart, una compagnia americana guidata dal sinistro presidente Brent Furlong, presenta un piano per rendere la divisione obsoleta. Quando il comandante Ikki Yoneda viene catturato e l'intera divisione viene messa in standby a tempo indeterminato, le sorti della Flower Division e dell'intera Tokyo sono in gioco.

Veronica, latitante per la giustizia americana, e Luc, soldato "rigenerato" che ha perso il fratello Eric nella lotta contro Mazur, creatore della UniSol, arrivano a Toronto. Qui è in corso un vertice del mondo cibernetico, durante il quale sono coinvolti in un sequestro da parte di una banda di terroristi, che Luc annienta. Intanto Mazur sta progettando di utilizzare i soldati GR per il furto di un carico d'oro da una base aeronautica., mentre il dottor Walker mette a punto la clonazione di Eric, per trasformarlo in soldato. Ma Veronica e Luc, grazie ai ricordi di quest'ultimo, sono a conoscenza del piano

Ukyo Rettsu, chirurgo alla Ken il Guerriero, cura una misteriosa anziana da una strana forma di "cancro". Questo "cancro" si rivela essere un messaggero delle orde demoniache provenienti dall'antico Giappone. Ukyo deve ritornare indietro nel tempo e combattere i demoni.