Tutto comincia in un regno magico e ispirato alle culture latine chiamato Avalor, ovvero la città natia della principessa Elena Castillo Flores, una giovane e coraggiosa ragazza sedicenne dal cuore pieno di gentilezza e intelligenza; essa aveva perso i suoi genitori (il Re Raul e la Regina Lucia) a 16 anni. La giovane e i suoi amici incontrano i personaggi del Regno di Incantia, tra cui la piccola principessa Sofia, suo fratello il principino James e altri personaggi. Decidono così di fondare una vera e propria alleanza per affrontare e sconfiggere una loro nemica, la terribile strega Shuriki, colpevole per aver attaccato il palazzo reale e ucciso i genitori.

Il film descrive la scoperta del mondo da parte di un fanciullo e la sua crescita spirituale. Il ragazzo intraprende con lo zio un lungo viaggio, durante il quale fa la conoscenza di una bellissima donna, partecipa ad una festa di paese, ad una rissa, prende la febbre. L'arrivo alla meta finale coincide col doloroso distacco dallo zio.

Un'unità investigativa del governo statunitense viene inviata alla "Cuesta Verde University". La squadra è capitanata da Jordan Casper, un sopravvissuto della precedente avventura. Lo scopo della missione è bloccare una nuova epidemia del tutto simile a quella che si verificò nell'isola, e che si è ripresentata in questo ateneo, e di prelevare un campione del morbo in modo da poterne ricavare un vaccino.