Historien om de 90 forferdelige dagene i forkant av D-dag-invasjonen, da Dwight (Ike) Eisenhower, avgjør skjebnen til tusenvis av soldater samtidig som han styrer komplekse, strategiske forhold til den britiske statsministeren Winston Churchill, den amerikanske generalen George S. Patton, Storbritannias feltmarskalk Bernard Montgomery og den franske presidenten Charles de Gaulle. Det var en tid uten garantier og absolutt ingen nye sjanser. I dette klimaet var det en mann, Dwight Eisenhower, som fikk verdens ledere til å samarbeide for at av historiens mest grusomme slag.

Fjerde generasjons militære oberst William McNamara og løytnant Tommy Hart sitter i samme fangeleir i Tyskland. Det skjer et mord i leiren, og McNamara klarer å overtale SS-kommandanten Wilhelm Viser til å la fangene holde sin egen rettssak. Det er den fargede piloten, løytnant Lincoln Scott, som blir beskyldt for mordet, og det er Hart som får oppgaven med å forsvare ham. Men under etterforskningen finner Hart ut at ikke alle allierte kjemper i samme krig, og mistanken dukker opp om at Scott er offer for et komplott. I mellomtiden blir det tydelig at McNamara bruker uroen i leiren til å skjule sitt egentlige oppdrag, nemlig å ødelegge en ammunisjonsfabrikk i nærheten – et oppdrag han akter å sette ut i livet til tross for sin fangestatus.

Miracle at St. Anna er et gripende og episk krigsdrama som forteller historien om fire svarte soldater under 2. verdenskrig. De tjenestegjorde i den amerikanske hærens 92nd Division Buffalo Soldier for svarte, som var utstasjonert i Toscana, Italia. De opplever krigens tragedier og triumfer i det de befinner seg bak fiendenes linjer, atskilt fra sin avdeling etter at en av dem risikerer livet for å redde en italiensk gutt.