그날, '너브기어' 를 우연히 머리에 쓴 '유우키 아스나' 는 원래 인터넷 게임과는 무관하게 살고 있는 중학교 3학년 소녀였다. 게임 마스터는 통보했다. '이건 게임이지만 놀이가 아니다' 게임 속에서의 죽음은, 그대로 현실에서의 죽음으로 이어진다. 그 말을 듣게 된 모든 플레이어들이 혼란에 빠지고, 게임 속은 아비규환의 도가니가 되었다. 그중 한 사람이었던 아스나였지만, 그녀는 세계의 룰조차 모른 채 정상이 보이지 않는 강철의 부유성 '아인그라드' 공략에 나선다. 죽음과 맞닿아 있는 세계에서 살아나가던 와중에 아스나에게 찾아온 '만남'. 그리고 '이별'. '눈앞의 현실'에 휘둘리면서도 꿋꿋이 싸우는 그녀 앞에 나타난 건, 고독한 검사 키리토였다....

휴대전화의 정체를 알 수 없는 목소리에 이끌려 디지털 세계에 오게 된 다섯 명의 아이들이 그 옛날 루체몬 밑에서 신음하던 디지털 월드를 구해냈다는 전설의 열 명의 용사들이 남긴 스피릿을 찾아내 디지바스에 저장하고 위기가 닥쳐오면 스피릿을 불러내 그 데이터를 몸에 휘감음으로써, 아이들 자신이 디지몬으로 진화한다. 우연히 우정훈(칸바라 타쿠야)가 아그니몬으로 진화하는 모습을 목격한 볼록몬과 네이몬은 케루비몬으로 인해 황폐해진 디지털 세계에 평화를 되찾아 달라고 부탁하고, 아이들은 부탁을 받아들여 자신들과 적대 관계에 있는, 또 다른 용사의 스피릿을 이어받은 5명의 디지몬들과 싸우며 디지털 세계를 여행하게 된다.

여름방학. 타카토는 바쁜 부모님을 대신해 성묘하기 위해 혼자서 오키나와의 친척 집으로 향한다. 그런데 평화롭기만 한 오키나와에 흉악한 디지몬이 나타나고, 타카토와 사촌 카이는 디지몬에 습격당해 정신을 잃은 소녀 미나미를 구출한다. 흉악한 디지몬이 미나미를 노리는 이유는 무엇일까?

돌연 현실세계에 리얼라이즈한 로코몬이 폭주한다. 그리고 하늘에 보이는 디지털 존. 로코몬의 목적은 폭주를 통해 시공을 비틀어 디지털 존을 여는 것이었다. 그리고 로코몬을 조종하는 건 다름아닌 패러사이몬. 패러사이몬이 로코몬에 기생한 이유는 로코몬으로 하여금 디지털 존을 열게 하여 그곳을 통해 자신이 리얼라이즈하는 것이 목적이었다. 그리하여 침략이 시작되고 궁극체로 변신한 주인공들이 싸우지만, 압도적인 물량에 의해 밀리기 시작한다. 질 수 없다고 결심한 타카토의 결심이 그라니를 불러와 듀크몬 크림슨 모드로 융합하고, 크림슨 모드의 공격 한방에 모든 패러사이몬들은 사라지고 로코몬은 디지털 세계로 돌아간다.

인터넷 세상에 해파리처럼 생긴 디지몬 쿠라몬이 증식하기 시작한다. 아이들이 3년 전 쓰러뜨린 디아블로몬의 소행으로 보이는 쿠라몬 무리는 급기야 현실 세계까지 뒤덮으며 대혼란을 야기하는데...