توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده‌ است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.

نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.

شیکاگو، سال ۲۰۳۵. روبات ها در همه جا به عنوان کارگر یا پیشخدمت به کار گرفته شده اند. در حالی که به سه قانون روباتی پای بند هستند که ظاهرا باعث می شود به آدم ها لطمه ای نزنند. تا این که کارآگاه ویژه ی جنایی به نام «دل اسپونز» (اسمیت) به شدت به روبات ها شک می کند و سرانجام رودرروی روباتی به نام «سانی» می شود که تکامل پیدا کرده و به ضوابط «سه قانون روباتی» پای بند نیست...

صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.

پسر مردی که یک دنیای مجازی را خلق کرده، به دنبال پدرش می گردد و نهایتا از همان دنیای دیجیتالی سر در می آورد. او در میابد که چیزی که پدرش ساخته به پلیدی گراییده است و ...

پس از تهی شدن منابع زمین در طول قرن‌ها، بقای نوع بشر مستلزم مهاجرت به فضا است. یک گروه اعزامی بین‌المللی به‌سرعت برای یافتن یک سیاره جدید مناسب تشکیل می‌شود، اما وقتی نقشه‌ها به هم می‌ریزد، خدمه ناگهان بدون برق در یک سیاره عجیب و غریب سرگردان می‌شوند، جایی که چیزی غیرقابل تصور در کمین است.