Ένας χάκερ ανακαλύπτει ότι ο κόσμος γύρω του αποτελεί μια προσομοίωση της πραγματικότητας. Η ανθρωπότητα, εν αγνοία της, συντελεί στον ίδιο της τον αφανισμό, εκτός αν βρεθεί κάποιος να την αφυπνίσει.
Έπειτα από μακελειό στην εκκλησία, τη μέρα του γάμου της, μια γυναίκα πέφτει σε κώμα. Ξυπνά έπειτα από πολλά χρόνια και αρχίζει να αναζητά τον Μπιλ, εκείνον που διέταξε τη σφαγή. Στο δρόμο της στέκονται εμπόδιο μπράβοι και πληρωμένοι δολοφόνοι.
Κίνα, 3ος αιώνας π.Χ.. Ο ισχυρός βασιλιάς του Κιν φιλοδοξεί να υποτάξει τα έξι αντίπαλα βασίλεια και να γίνει αυτοκράτορας μιας ενιαίας χώρας. Πολλοί επιχειρούν να τον δολοφονήσουν. Ένας πολεμιστής εμφανίζεται και ισχυρίζεται ότι σκότωσε τους τρεις πιο επικίνδυνους από τους επίδοξους δολοφόνους, αλλά ο μονάρχης έχει λόγους να αμφισβητεί τα λεγόμενά του.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Ο Σκαραμάνγκα είναι ο κορυφαίος πληρωμένος εκτελεστής σε όλο τον κόσμο, με το χρυσό του πιστόλι και τις επίσης χρυσές σφαίρες να αποτελούν το σήμα κατατεθέν της δράσης του. Τη μέρα λοιπόν που στα κεντρικά γραφεία της MI6 φτάνει μια χρυσή σφαίρα με το όνομα του Τζέιμς Μποντ χαραγμένο πάνω της, όλοι πιστεύουν πως εκείνος είναι ο επόμενος στόχος του. Όταν όμως ο Μποντ επισκεφθεί το απομονωμένο νησί του Σκαραμάνγκα, τα δεδομένα αλλάζουν. Ο θαυμασμός του επιβλητικού δολοφόνου προς το πρόσωπό του, η εξωτική καλλονή Αντρέα και ο μικροσκοπικός -αλλά θανατηφόρος- Νικ Νακ πείθουν τον Μποντ πως η συνωμοσία ίσως έχει άλλο στόχο: τη συσκευή που χαρίζει στον κάτοχό της τον έλεγχο της ηλιακής ενέργειας...
Μια αποστολή εκδίκησης μετατρέπεται σε μάχη για τη σωτηρία του κόσμου από μια αρχαία απειλή, όταν ο εκτελεστής Κάι που έχει υπερδυνάμεις εντοπίζει έναν φονιά.