Томас Андерсон (Кијану Ривс) је програмер који ноћу води тајни живот као хакер Нео. Он жели да сазна одговор на питање Шта је то Матрикс? Морфеус (Лоренс Фишбурн) је најтраженији светски хакер који ступа у контакт са Неом и упознаје га са правом природом света у коме се налази. Година није 1999., као што Нео мисли, већ 2199. и људи се боре против машина насталих на почетку 21. века. Планета је прекривена црним облацима које је створио човек како би спречио машине да користе соларну енергију, а као одговор на то машине су до енергије долазиле користећи људска тела као батерије. Свет који Нео познаје од рођења је само симулација направљена како би машине лакше контролисале људе док их држе на апаратима преко којих долазе до потребне енергије. Морфеус је убеђен да је Нео Одабрани, за којим је трагао целога живота. Човек који по легенди има неограничену контролу над Матриксом и који ће одвести људе у победу над машинама.
Други део наставља причу претходника о бившој професионалној убици знаној под надимком Невеста (Ума Турман) која наставља свој крвави осветнички поход на Била (Дејвид Карадин), бившег шефа који ју је оставио да умре након што је организовао масакр на њеном венчању. У првом филму Млада се већ обрачунала са бившим колегама из ВИПЕР-а (Вивика А. Фокс, Луси Лу), а у овом делу јој још само двоје људи стоји на путу до коначне мете – Била!
У постапокалиптичној 1997. години, Њујорк је максимално сигуран затвор у који се шаљу најокорелији злочинци. На путу за самит светских велесила (САД, Совјетског Савеза и Кине) срушио се председнички авион. По шефа државе креће бивши војник, а данас осуђени криминалац Снејк Плискин (Курт Расел). Како им не би нестао из вида власти му уграђују својеврсну наруквицу којом прате његово кретање.
Шест месеци након догађаја приказаних у Матриксу, Нео се показао као добар знак за слободне људе, јер се све више људи ослобађа од матрикса и одводи на Зион, једно и једино упориште Отпора. Нео је сам открио своје супермоћи, укључујући супер брзину, способност да види кодове делова унутар матрице и одређени степен самоспознаје. Али гадна вест погађа људски отпор: 250.000 сензора машина копа за Зиона и достићи ће их за 72 сата. Како се Зион припрема за коначни рат, Оракл саветује Неа, Морфеуса и Тринити, да пронађу израђивача кључева који ће им помоћи да дођу до извора. У међувремену, Неов понављајући сан који приказује Тринитину смрт га забрињава и као да то није довољно, агент Смит је некако избегао брисање, постао је моћнији него раније и одабрао Неа као његову следећу мету.
Трећи део култног филма Матрикс. Људски град Зион брани се од масовне инвазије машина док се Нео бори да заврши рат на другом фронту, а такође се супроставља и Агенту Смиту.