Po celodennej bitke armád štátov Liang a Wei zostali nažive len dvaja muži- starý bojovník z Liang, ktorý hral mŕtveho a jediné, po čom túžil, bolo utiecť z vojny domov, a mladý Generál armády Wei. Bojovník zraneného Generála zajme a dúfa, že keď ho vydá svojim nadriadením, splní sa mu túžba po návrate domov.
Zdalo sa, že v roku 1996 sa stretli naposledy - superpolicajt John Spartan a superzločinec Simon Phoenix to vtedy „trochu“ prehnali a zavinili smrť skupiny rukojemníkov. Za trest boli preventívne zmrazení... Uplynie niekoľko rokov a svet sa zmení. V roku 2032 je San Angeles nové nielen názvom, ale aj poriadkom a dokonalým životným štýlom. Ideálnemu, ale zároveň nudne dokonalému mestu vládne Dr. Raymond Cocteau. V podzemí sa však ukrýva skupina vzbúrencov, ktorí sa novým pomerom odmietajú prispôsobiť. Zaslepený Dr. Cocteau preto nechá rozmraziť zločinca Phoenixa a poverí ho likvidáciou vzbúrencov. Phoenix sa však vymkne spod kontroly a obyvatelia San Angeles sa ocitajú v smrteľnom nebezpečenstve. Mladá a krásna policajtka Lenina Huxleyová síce túžila po troške vzrušenia, ale na brutalitu dávno neznámych zločinov ona ani celý policajný zbor jednoducho nestačia. Preto sa mesto rozhodne rozmraziť drsného svalovca Spartana, pretože iba on môže zastaviť orgie krutosti a násilia.
Keď Jake Barnes, oslavovaný vojnový hrdina a majster bojového umenia jiu-jitsu, podľahne nezdolnému stvoreniu Braxovi, budúcnosť ľudstva visí na vlásku. Zranený a trpiaci silnou amnéziou je Jake zajatý armádou, ktorá nemá potrebné vybavenie na boj proti nemilosrdnému votrelcovi z vesmíru. Jakea zachráni Wylie a starodávny rád bojovníkov jiu-jitsu, ktorí mu musia pomôcť rozpamätať sa a nabrať silu, aby spoločne dokázali Braxa poraziť v epickej bitke, ktorá určí ďalší osud ľudstva.
Nesmrteľný vládca otvoril portály do Podzemnej ríše napriek tomu, že výhra bojovníkov Zeme v Mortal Kombate mala zaručiť uzavretie portálu do ďalšieho turnaja. Tým, že boli otvorené brány, však došlo k splývaniu oboch svetov, k úplnému spojeniu má dôjsť za šesť dní a práve toľko času majú Liu Kang, Rayden, Sonja, Jax a Kitaua k nájdeniu riešenia. Tentoraz však nebudú bojovať v turnaji, ktorý má pravidlá, teraz sú vydaní napospas Shao Khanovým bojovníkom, ktorí urobia čokoľvek