Batman valamint két társa, egy rendőr és egy ügyész mindent elkövet, hogy megtisztítsa Gotham City utcáit a banditáktól. Már kezdik azt hinni, önként vállalt feladatukat siker koronázhatja, amikor megjelenik a bűnözők között valaki, aki minden elődjénél ravaszabb és veszélyesebb. Úgy hívják: Joker. A városban ettől kezdve a félelem az úr: elszabadul a korlátlan, értelmetlen, kivédhetetlennek tűnő gonoszság.
A 23. században járunk. A U.S.S. Enterprise szövetségi űrhajó a rutin gyakorlómanővereit végzi, és úgy tűnik, James T. Kirk admirális beletörődött abba, hogy ez az ellenőrző körút talán pályájának utolsó küldetése lesz. De Khan visszatért. Genetikus szuperlényekből verbuvált száműzött csapata segítségével Khan - a 20. századi Föld briliáns renegátja - rajtaüt a Regula Egyes űrállomáson, ellopja a Genezis Project nevű, szigorúan titkos berendezést, magához ragadja egy másik szövetségi űrhajó irányítását, és most halálos csapdát készül állítani ősi ellenségének, Kirknek… mely az univerzális Armageddonnal fenyeget!
Néhány évvel az első filmben történt gyilkos események után, amikor az apja meghalt, Emma most a nagynénjénél, Angela-nál él, és a helyi középiskolába jár. Angela férje gyanakodni kezd, hogy Emma talán nem is olyan ártatlan, mint amilyennek látszik, és azt javasolja, hogy küldjék bentlakásos iskolába. Eközben egy új lány az iskolában úgy tűnik, ismeri Emma titkait, így Emmának nem marad más választása, minthogy visszacsússzon a régi kerékvágásba, és minden eszközzel gondoskodjon ellenségeiről.
Kirk admirális diadala Khan felett, és a Genezis bolygó megteremtése üres győzelmek. Spock halott, és McCoy megmagyarázhatatlanul megőrült. Aztán Sareknek, Spock apjának váratlan látogatása döbbenetes felfedezést hoz: Spock élő esszenciája McCoyban rejtőzik. Az egyik barátja él, a másik nem, de mindkettő szenved, ezért Kirk megpróbál segíteni rajtuk, ellopja az U.S.S. Enterprise űrhajót, és szembeszáll a Csillagflotta Genezis bolygót körülvevő vesztegzárával. De a klingonok szintén tudomást szereztek a Genezisről, és oda igyekeznek, hogy találkozzanak Kirkkel egy halálos randevún.
Szörnyű balesete után egy nő végső elkeseredésében önként jelentkezik tesztalanynak egy mesterséges intelligenciát kutató csoport kísérleteihez, amelytől egyben felépülését is várja.
Egy fiatal botanikus érkezik egy sivatagi kisvárosba, hogy egy ritka növényt tanulmányozzon, a nő számára azonban rövidesen a túlélés lesz a tét, miután a helyi maffia a nyomába ered.