Milo (Seth Green) tem nove anos de idade e só descobre o verdadeiro valor da mãe (Joan Cusack) quando ela é raptada por marcianos que planejam roubar sua sabedoria para beneficiar seus respectivos filhos. O menino não está disposto a entregar os pontos e parte numa aventura épica para salvá-la das mãos do inimigo, nem que para isso tenha que se aliar a uma raça alienígena e uma rebelde marciana, Ki (Elisabeth Harnois).

Após um pedido de ajuda da Imperatriz-Menina, Bastian vai voltar ao reino de Fantasia para tentar salvar o reino do Vazio, uma força que destrói tudo e que é controlada pela pérfida bruxa Xayide. Para tal, vai contar com a ajuda dos companheiros de sempre: o guerreiro Atreyu e o dragão-da-sorte Falcor, além do Comedor de Pedras, agora pai de um pequeno e irrequieto filhote.