Когато битка между Лилавите Дракони и това, което прилича на Костенурките Нинджа, е заснета на лента, Костенурките бързат да опровергаят обвиненията на Учителя Splinter в невнимателност. Влизайки в щаба на Лилавите Дракони, за да стигнат до дъното на тази мистерия, нашите костенурки откриват, че техните "имитатори" са всъщност техни версии от друго измерение. Шантавите костенурки от другото измерение от 1987 година влизат в конфликт с по-сериозно мислещите костенурки от 2003 г., но скоро откриват, че са телепортирани в това измерение в следствие на инцидент в портал между измеренията. Оказва се, че порталът е довел и отдавнашните врагове на костенурките - Shredder и Krang, заедно с тяхната бойна крепост Технодромът.

Филмът проследява вълнуващите приключения на Ханибал Смит и неговият колоритен отбор от специално тренирани войници, натопени за престъпление, което не са извършили. Сега те са принудени да използват своите уникални умения, за да върнат доброто си име и да намерят истинския престъпник...

Д-р Олсън предлага на близнаците Зак и Коди да участват в проект, който изследва поведението и връзките между близнаците. След дълго размишление двете момчета решават да приемат предложението и скоро се оказват сред десетки други близнаци. В началото всичко изглежда обикновено, но с течение на времето започват да се случват странни съвпадения - в момента, в който Зак си помисли за нещо, и Коди мисли за същото, ако единият почувства болка, веднага и другия започва да го боли.