Det pågår en intens etterforskning av den mystiske forsvinningen av en liten jente. To unge privatetterforskere er hyret inn for å se nærmere på forsvinningssaken, og oppdager raskt at ingenting er som det ser ut som. Etter hvert som etterforskningen skrider frem, blir de nødt til å risikere alt; forholdet seg i mellom, forstanden og til og med deres eget liv for å finne den savnede lille jenta.

I et desperat forsøk på å bevise sin uskyld, tar en dyktig politibetjent, som er anklaget for korrupsjon og mord, gisler i et regjeringskontor for å få den tiden han trenger for å finne ut sannheten.

Det er midt på natten og et advokatkontor i en Manhattan-skyskraper er fortsatt belyst og i full aktivitet. I en fengselcelle i Milwaukee sitter den briljante advokaten Arhur Edens og grunner på hvordan han kunne miste kontrollen i retten. Hvordan kunne han, midt i prosedyren, kaste klærne og proklamere sin kjærlighet til en 19 år gammel jente på andre siden av rommet. Michael Clayton får i oppdrag å fordekke Arthur Edens kollaps i retten, og han forstår snart at det er snakk om mer enn en anspent og overarbeidet mann. For første gang i sin ansettelsestid hos Kenner, Bach og Leeden holder det ikke for Clayton å bare begrave hemmelighetene - han må grave seg nedover, enda dypere.

Sam Brickes ekteskap henger i en tynn tråd, og han er lei av jobben sin. Året er 1974. Vietnam-krigen raser og ved det Hvite Hus er Watergateskandalen i full gang. Da Sam i tillegg får tilsendt skilsmissepapirene fra sin kone, faller livet hans i fisk. Han retter all sin aggresjon mot politikerne ved det Hvite Hus, og spesielt President Richard Nixon. Snart blir fantasi til virkelighet, og Sam kommer opp med en plan for å drepe den daværende president Richard Nixon ved å kapre et fly og slippe gassbomber over det Hvite Hus. Filmen er basert på faktiske hendelser.