Grupa naukowców udaje się na Księżyc. Po wylądowaniu tamtejsi mieszkańcy biorą ich do niewoli.

To już 20 lat, odkąd Autoboty i Decepticony przebudziły się i wznowiły swą niekończącą się wojnę. Z Cybertronu, rodzimej planety Transformerów, wylatuje statek, na którym znajdują się najwierniejsi kompani Optimusa. Zmierzają oni na Ziemię, do miasta Autobotów, jednak nagle zostają zaatakowani przez Decepticony, które zabijają załogę statku i pod przykrywką atakują siedzibę swoich wrogów. Optimus postanawia raz na zawsze rozprawić się z Megatronem i wyzywa go na ostateczny pojedynek. Atak Decepticonów zostaje odparty, jednak ginie przy tym Prime, a jego zacięty przeciwnik zostaje poważnie ranny. W tym samym czasie w stronę Cybertronu zmierza Unicron - wielki Transformer żywiący się planetami. Pokonać go może tylko nowy przywódca Autobotów, używając Matrycy Przywództwa. Tę jednak chce zdobyć Galvatron - sługa Unicrona...

Sam Witwicky jest zwykłym licealistą, mającym swoje życie i problemy. Nie ma jednak pojęcia, jak bardzo się odmieni jego życie, gdy pewnego dnia zakupi starego Chevroleta Camaro. Pewnej nocy Sam odkrywa, że jego samochód tak naprawdę jest supernowoczesnym, zmiennokształtnym robotem, zaś na Ziemię przebywają Transformery – pochodzące z planety Cybertron żywe maszyny, które są w trakcie wojny domowej. Dwie frakcje tej niezwykłej rasy, Autoboty i Decepticony, szukają zaginionego przed wiekami źródła mocy o niezgłębionych możliwościach - Wszechiskry zwanej też "Kością". Transformery wierzą, że ci, którzy ją zdobędą, będą mogli wygrać wojnę, zaś kluczem do odnalezienia artefaktu jest przedmiot znajdujący się od pokoleń w posiadaniu rodziny Sama. Rozpoczyna się nowy etap wojny Transformerów, w którym Ziemia stała się polem bitwy, na którym nigdy nie wiadomo, gdzie czai się wróg...

Freeman Lowell (Bruce Dern) jest kierownikiem szklarni na jednej ze stacji orbitalnych, gdzie zajmuje się pielęgnowaniem próbek roślin oraz hodowaniem ginących gatunków. Jego praca ma pomóc w przywróceniu normalnego życia na Ziemi, które zostało zniszczone w wyniku wojny nuklearnej. Pewnego dnia Lowell otrzymuje wiadomość, że jego szklarnia ma zostać zniszczona. Zdesperowany, sprzeciwia się decyzji władz i postanawia zniweczyć każdą próbę naruszenia swego ekologicznego raju.