Sei amiche si incontrano come sempre ogni anno, per un'avventura sotterranea nelle viscere della terra. Il gruppo si fa strada attraverso un percorso già esplorato, godendosi gli splendidi paesaggi sotterranei. Ma in profondità le aspetta una tragedia: il percorso che stanno seguendo, dietro di loro viene bloccato da una frana di massi, e non possono più tornare indietro. Quando le ragazze si rendono conto che Juno, una del loro gruppo, la più "azzardata" le ha condotte per un percorso inesplorato, il panico cresce a dismisura perché capiscono che nessuno potrebbe venirle a cercare laggiù. E qualcosa nel buio, le osserva.

Ritroviamo Alex il leone, Marty la zebra, Gloria l'ippopotamo e Melman la giraffa alla deriva nelle remote spiagge del Madagascar, pronti ad imbarcarsi sull'aereo riparato dalla squadra di terribili pinguini per tornare a Central Park. Un atterraggio di fortuna, però, ben prima di arrivare nei cieli americani, li catapulta nel bel mezzo di una pianura africana, ai piedi del Kilimangiaro. Tutto appare come la realizzazione di un sogno: Alex ritrova la famiglia, Marty il branco che ha sempre desiderato, Gloria le attenzioni del prestante Moto Moto e Melman l'opportunità di mostrare un po' di eroismo. L'Africa è dunque meglio di New York City? Di certo non è meno avventurosa.

Intrappolato in un animo adolescente troppo gentile e sensibile, Ian ha diciotto anni e una sessualità ancora immacolata. In famiglia è vessato sia da Rex, il fratello maggiore omofobo e razzista, che dal fratello minore che gli rinfaccia le sue conquiste, mentre al centro commerciale dove lavora, un goffo costume da ciambella messicana lo rende preda di insulti e scherni. Su internet, dove può fingersi un giocatore di football palestrato, riesce invece a conquistare la bella Miss Tasty e, dopo l'ennesima delusione amorosa, decide di rubare la Pontiac d'epoca di Rex e di partire alla volta del Tennessee per incontrarla. Compagni di questo viaggio che si rivelerà una lunga e folle avventura sono gli amici di sempre Lance, affabile conquistatore di giovani fanciulle, e Felicia, la vicina di casa punk di cui Ian è da sempre innamorato.

In un mondo in cui i supereroi sono socialmente accettati, il giovane Will Stronghold, frutto di due "super-genitori", deve conciliare il suo bisogno di essere un adolescente come gli altri con i suoi straordinari poteri.