세계 각국의 정부와 경제가 완전히 붕괴된 미래가 다가온다. 지난 20세기에 범한 잘못이 전 세계적인 식량 부족을 불러왔고, NASA도 해체되었다. 나사 소속 우주비행사였던 쿠퍼는 지구에 몰아친 식량난으로 옥수수나 키우며 살고 있다. 거센 황사가 몰아친 어느 날 알 수 없는 힘에 이끌려 딸과 함께 도착한 곳은 인류가 이주할 행성을 찾는 나사의 비밀본부. 이 때 시공간에 불가사의한 틈이 열리고, 이 곳을 탐험해 인류를 구해야 하는 임무를 위해 쿠퍼는 만류하는 딸을 뒤로한 채 우주선에 탑승하는데...

불가사의한 이유로 사람들의 출입이 금지된 채 방치된 미국 해안지대에 펼쳐져 있는 미스터리한 X구역. 이곳과 관련된 사안을 다루는 비밀 정부 기관 서던 리치는 점점 커져가는 엑스구역의 정체를 파악하기 위해 쉬머라 불리는 탐사대를 파견해 왔다. 이에 가담했던 남편이 의식을 잃은 채 돌아오자, 전직 군인이자 생물학자인 레나는 남편을 구하기 위해 탐사대에 지원한다. 입구는 하나, 출구는 없다고 불리는 미지의 구역에 발을 디딘 레나와 대원들, 다가갈수록 더 깊이 빠져드는 엑스구역의 비밀에 한 발짝 다가서게 되는데...

영국 포병단의 포셋 소령(찰리 허냄)은 그의 특별한 재능을 임정받아, 볼리비아와 브라질 국경의 지도를 제작을 위해 남미 땅으로 떠나게 된다. 그러던 중 함께 간 인디언으로부터 정글 깊숙히 밝혀지지 않은 문명이 있다는 이야기를 듣는 포셋은 그 말을 반신반의 하지만, 식량을 구하러 간 곳에서 문명의 흔적을 발견하게 되고 엘도라도의 비밀이 그곳에 있다는 확신을 갖게 된다. 귀국 후 자신이 발견한 자료들을 왕립지리학회에서 발표하게 되는 포셋. 그는 국가의 전폭적인 지원 하에 두 번째 원정을 떠나지만, 함께한 인원들의 문제로 그의 도전은 실패로 끝나고 만다. 결국 그 일을 계기로 왕립지리학원에서 탈퇴를 결심하게는 되는 포셋. 과연 그는 잃어버린 도시 Z의 엘 도라도를 발견할 수 있을 것인가?

지구 상에서 가장 깊고 거대한 해저동굴 ‘에사 알라’ 동굴 탐험가 ‘프랭크’는 자신의 탐험대와 함께 인간의 손길이 닿지 않은 남태평양의 깊고 거대한 해저동굴 ‘에사 알라’를 탐험 중이다. 어린 시절부터 탐험에 동행한 아들 ‘조쉬’는 수개월 째 계속되는 강행군에 지친 대원들에게도 냉정한 아버지를 이해하지 못해 잦은 충돌을 빚는다. 한편 탐험 비용을 지원하는 투자자 ‘칼’과 그의 약혼녀 ‘빅토리아’는 미지의 세계에 대한 단순한 호기심에 ‘에사 알라’로 들어간다. 열대 폭풍에 휩쓸려 수중미로에 갇힌 탐험대 생존의 탈출구를 찾아 나선 그들이 만나는 것은… 이 때, 갑자기 들어 닥친 열대 폭풍으로 지상과 연결된 유일한 출구가 순식간에 차단된다. 이제 그들이 선택할 수 있는 건 동굴의 더 깊숙한 곳으로 들어가 다른 출구를 찾는 방법뿐. 여러 번의 조난 상황을 경험했던 ‘프랭크’는 불안에 떠는 사람들을 이끌고 끝없이 펼쳐지는 수중미로를 향해 생존을 위한 모험을 시작한다. 점점 거칠어지는 물살과 싸우면서 탈출구를 찾아보지만 한치 앞을 예측할 수 없는 기이한 동굴의 구조 때문에 점점 더 깊은 바다 속으로 들어간다. 얼마 남지 않은 식량과 비어가는 산소통, 꺼져가는 불빛… 그리고 하나 둘 줄어드는 일행들. 생사의 갈림길에 선 이들은 극단적인 상황 앞에서 미지의 세계만큼이나 충격적인 모습을 마주하게 되는데… 상상 그 이상, 탐험의 끝을 확인하라!

인류학 교수인 콘래드 해밀턴은 태국의 정글에서 새로운 영장류로 보이는 생명체를 발견한다. 인간과 유인원 사이를 잇는 ‘잃어버린 고리’로 생각한 콘래드 교수 일행은 그 중 한 마리를 생포하게 되지만, 결국 일행은 처참하게 죽임을 당한다. 해밀턴 교수와 조수인 첸은 다시 본국으로 연락해, 인류학을 공부하는 학생들을 정글로 불러 모은다. 태국에 도착한 6명의 학생은 정글에서 괴생명체의 공격을 받게 되지만, 첸의 도움으로 위기에서 벗어나고 해밀턴 교수와 합류한다. 학생들은 뭔가 심상치 않은 일이 벌어지고 있음을 눈치채지만 괴생명체의 정체를 밝히는데 광기 어린 집착을 보이는 해밀턴 교수는 이 사실을 속이고, 이들을 이끌고 정글 깊숙한 곳으로 들어가는데...