Em pleno ano de 2065, o caos e destruição rondam a Terra. Um meteoro atingiu o planeta e lançou ao longo de toda a superfície terrestre milhões de aliens, que têm por objetivo extinguir toda a vida do planeta. Com isso, as cidades foram abandonadas, a população foi dizimada e os poucos seres humanos que restam precisam encontrar meios para sobreviver. Um deles é a Dra. Aki Ross, uma bela e determinada cientista que foi infectada de forma mortal pelos aliens e tem a chave para descobrir o ponto fraco de seu oponente. Agora, com a orientação de seu mentor científico, Dr. Sid, e a ajuda do esquadrão militar Deep Eyes, comandado pelo capitão Gray Edwards, a Dra. Ross busca salvar não apenas o planeta Terra mas também a si mesma.

Após nove combates, sempre vencido por forças malignas, três relutantes lutadores: Johnny Cage (Lindsen Ashby), um astro de filmes de ação; Sonya Blade (Bridgette Wilson), uma agente especial; e Liu Kang (Robin Shou), um lutador; são mandados para uma remota ilha, onde enfrentarão mortais adversários em um torneio de kung fu no qual o destino da Terra está em jogo. Lá eles apenas têm a ajuda de Lord Rayden (Christopher Lambert), um mago, para orientá-los nesta difícil missão.

Adaptação do jogo com o mesmo nome lançado pela Cinemaware no anos 80. Uma ameaça surge das profundezas do deserto e promete acabar com toda a humanidade - formigas gigantes assassinas.