2차 세계대전 말기 미국에서 나치 첩자 한 명이 징역형을 언도받는다. 아버지의 활동에는 전혀 관여하지 않았던 그 첩자의 딸인 엘리샤는 방탕한 생활을 보내고 있다. 어느날 데블린이라고 자신을 밝힌 정부 기관원이 그녀에게 접근해 정부의 극비 임무를 수행해 줄 것을 부탁한다. 그녀는 그 부탁을 받아들이고 두 사람은 함께 리오로 떠난다. 그런데 두 사람은 사랑에 빠진다. 그러나 데블린은 그녀가 플레이걸이었다는 사실이 마음에 걸려 그녀와 일정한 거리를 유지한다. 엘리샤의 임무는 아버지의 옛 동료인 세바스찬에게 접근하는 것이다. 세비스찬은 브라질로 피신해 있는 유명한 나치들에게 자신의 집을 은신처로 제공하고 있다. 그녀는 세바스천과 접촉하는 데 성공해 곧 그의 집을 정기적으로 드나들 수 있게 된다. 세바스천은 그녀를 사랑하게 되고 결국 청혼을 한다. 그녀는 데블린이 세바스천과의 결혼에 반대하길 원했으나 그러지 않자 그 청혼을 받아들인다. 이때 그녀는 데블린으로부터 세바스천이 항상 휴대하고 다니는 지하 포도주 저장실의 열쇠를 손에 넣으라는 지령을 받게되는데...

미국인 의사 벤 맥케나와 조 부부는 아들 행크와 함께 프랑스령 모로코로 휴가를 즐기러 간다. 그들이 시장에서 쇼핑을 하고 있을 때 한 아랍인이 등에 칼을 맞은 채 그들 앞에 쓰러진다. 그는 벤에게 암브로스 채플이라는 말 한마디를 남긴채 죽고 어린 아들은 누군가에 의해 납치당한다. 아들을 구하러 나선 맥케나 부부는 추적끝에 국제 스파이 조직이 런던의 앨버트 홀에서 외교관을 암살할 계획임을 알아낸다. 교향악단의 연주가 시작되고 암살의 신호인 심벌즈가 울리기 직전 맥케나 부부의 노력으로 외교관의 암살은 저지되고 그들은 아들을 스파이 조직으로부터 구해낸다.

명훈은 남파공작원인 아버지의 누명으로, 여동생 혜인과 단 둘이 살아 남아 요덕 수용소에 감금된다. 그 곳에서 그는 정찰국 소속 장교 문상철에게 동생을 구하려면 남으로 내려가 공작원이 되라는 거절할 수 없는 제안을 받는다. 동생을 지키기 위해, 고등학생 강대호로 위장해 어떤 지령도 마다하지 않던 명훈은 동생과 같은 이름에 늘 혼자인 혜인을 눈 여겨 보게 된다. 그러나 시간이 지날수록 그의 임무는 위험해져 가는데...

스펙터의 두목 블로펠트는 러시아의 새 암호 해독기를 손에 넣기 위해 터키에 있는 소련의 암호부 여직원 타티아나를 이용한다. 당시 소련의 스메르쉬 작전국 국장으로 일했던 클래브 대령은 충성심이 높은 그녀를 불러내고, 제임스 본드를 유인해 낸 후 함정에 빠뜨려서 죽이려 한다. 실비아와 달콤한 시간을 보내던 제임스 본드는 국장의 호출을 받고, 무기 담당 Q에게서 비밀장치가 있는 가방을 받는다. 스펙터 일당과 KGB의 추척을 받던 국장과 본드는 KGB가 고용한 불가리아인 살인 청부업자 크릴렌쿠를 저격하게 되는데...

세일러(Sailor Ripley: 니콜라스 케이지 분)와 루라(Lula: 로라 던 분)는 사랑하는 사이지만 루라의 어머니 마리에타(Marietta Fortune/Wicked Witch of the West: 다이안 래드 분)는 그들의 사랑을 반대한다. 왜냐하면 마리에타는 세일러를 좋아하지만, 루라를 좋아하는 세일러에 대해 증오감이 강하다. 그녀는 정부와 살기 위해 남편을 죽인 과거를 갖고 있다. 어느날 마리에타가 고용한 흑인이 세일러를 죽이기 위해 칼을 빼들자 오히려 세일러는 그 흑인을 죽이고 감옥에 갖힌다. 1년 반이 지나 세일러의 복역이 끝난 후 풀려나자 루라는 그와 함께 엄마의 울타리를 벗어나기 위해 집을 나온다. 둘은 서로의 사랑을 확인하며 끊임없이 남부로 향하는데...

미국의 로켓 발사 실험이 계속 실패하는 상황에서 자메이카 지역에 파견된 스트랭웨이스 교수가 정체불명의 적에게 살해되는 사건이 발생한다. 살해된 스트랭웨이스 교수는 사실 영국의 비밀 첩보기관 MI6의 요원이었고, 이 불가사의한 사건을 수사하기 위해 제임스 본드는 자메이카로 향한다. 단서를 찾아 스트랭웨이스 교수의 집을 찾아간 본드는 책상 위의 사진에서 콰럴이란 이름의 어느 흑인 남성이 교수와 있는 것을 보게된다. 본드는 그를 찾아가고, 그에게 크랩 키 섬에 사는 괴짜 박사에 대한 이야기를 듣고 크랩 키 섬으로 잠입한다.

동유럽 첩보원들의 비밀 명단을 훔쳐 무기상에 팔아 넘기려는 음모를 막기 위해 짐 펠프스가 이끄는 CIA 최고의 팀 미션 임파서블이 투입된다. 그러나 대사관 파티에 잠입하여 동료들과 함께 작전을 수행하던 중 팀의 리더였던 이단 헌트만이 구사일생으로 혼자 살아 남는다. 곧 이어 본부에 연락을 취한 헌트는 이번 작전이 CIA 내에 침투한 이중간첩의 체포작전이라는 것과 자신이 범인으로 지목된 것을 알고 재빨리 피신한다. 그는 자신을 함정에 빠뜨리고 동료들을 살해한 진짜 범인을 찾기 위해 나선다. 마침내 그는 컴퓨터의 접속암호를 풀어 무기 밀매상인 맥스와 연락을 취하는데...

때는 1991년, 은퇴를 준비하고 있는 CIA의 베테랑 요원 나단 뮈어는 자신의 부하였던 젊은 요원 톰 비숍이 중국에서 스파이 혐의로 체포되었다는 소식을 듣는다. 비숍은 24시간 후 사형에 처해질 예정이지만 CIA 수뇌부는 국제관계 악화를 우려해 쉽게 결단을 내리지 못한다. 뮈어는 자신이 알고 있는 모든 지혜와 실력을 동원하여 비숍을 구출하기로 결심한다. 베트남 전선에서 저격수로 활약했던 비숍을 스카웃해 그에게 모든 것을 가르쳤던 뮈어의 머릿 속에서 그들의 과거가 빠르게 스쳐 지나간다. 함께 사선을 넘나들며 쌓은 우정과 베를린에서 베이루트까지 종횡무진했던 위험한 스파이 활동, 그들의 우정을 흔들리게 만든 한 여인까지.

해저 500피트에 있던 소련의 핵잠수함 포템킨호가 사라진다. KGB는 잠수함이 사라진 이유를 밝히기 위해 첩보원 트리플 X를 파견한다. 한편 영국 정보부에도 비상이 걸린다. 16개의 핵탄두가 실린 핵잠수함 1척이 사라진 것. 모처럼 오스트리아에서 휴가를 즐기던 제임스 본드는 긴급 지시를 받고 본부로 돌아온다. 사건조사를 위해 이집트로 간 본드. 영국은 자신들과 마찬가지 상황인 KGB와 협력해 사라진 핵잠수함을 찾기로 합의한다. 무지막지한 킬러 죠스로부터 빼앗아 온 필름을 조사한 그들은 칼 스트롬버그라는 인물에 접근하게 되는데...

IMF 최고의 베테랑 특수 요원으로서 항상 긴장감 속에 경계를 늦추지 않던 이단 헌트. 이제 현장에서 한 발 물러나 특수 요원 트레이닝에 전념하며 삶의 여유를 찾고, 사랑하는 여인 줄리아와 행복한 결혼을 꿈꾼다. 하지만 그녀와의 약혼식 날, 급작스런 본부의 호출을 받은 이단 헌트에게 악명 높은 국제 암거래상 오웬 데비언에게 인질로 잡혀있는 IMF 요원을 구출하라는 명령이 떨어진다. 약혼녀에게 차마 사실을 알리지 못한 채 작전에 임하는 이단 헌트는 요원을 구출하는 데에 극적으로 성공하지만 그녀는 결국 목숨을 잃고 마는데...

스펙터 일당은 지부장 라르고의 지휘로 NATO의 공군 조종사인 더발 소령의 여비서 피오나를 매수, 그를 죽이고 그와 똑같이 성형수술을 시킨 하수인을 MOS 핵폭탄 2개가 실린 NATO 연습기에 더빌 소령으로 위장시켜 태운 뒤, 다른 조종사들을 처치하고 핵폭탄을 탈취한다. 탈취에 성공한 스펙터는 7일 이내에 1억 파운드를 내놓으라는 메시지를 보내고, 영국 정보부에서는 핵폭탄을 찾기 위한 썬더볼 작전의 임무를 007에게 명령한다. 더발 소령의 여동생인 도미노에게 접근하는 007. 그는 도미노에게 모든 사실을 알려고, 라르고가 핵폭탄의 탈취 주범임을 확신하게 된다.

케이프 케나벨에서 발사된 미국의 로켓이 우주에서 정체불명의 우주선에 납치된다. 미국과 소련은 긴장하게 되고 영국이 중간에서 사건을 해결하기로 한다. 007은 좀더 편한 신분으로 활동하기위해 살해당한 것처럼 위장을 하고 괴우주선이 착륙한 지점으로 의심이 가는 일본으로 간다. 일본지부의 도움으로 정보를 얻던 007은 오사토 화학 회사가 중국으로부터 로케트의 연료인 액체 산소를 가져온 것을 알고는 확신을 얻게 되는데 그 와중에 아키가 살해당하고 만다. 007은 의심이 가는 섬부근의 어부로 행세하기 위해 키시와 위장 결혼을 하는데...

제임스 본드는 해변에서 자살을 시도하려던 한 여인을 구하게 되고, 이를 계기로 그녀와 사랑에 빠진다. 본드가 사랑에 빠진 여인은 유렵 최고 범죄조직의 두목 드라크의 딸 트레이시였고, 본드는 장인이 될 드라크의 도움으로 스위스에서 브로샹 알레르기 연구소를 운영하며 전세계 알레르기 체질 미녀를 모아 연구하고 있다는 블로펠드를 잡기 위해 위장 잠입한다. 가문학자로 위장하여 연구소에 들어간 본드는 브로펠드가 오메가 바이러스라는 세균을 세뇌된 미녀들의 화장품을 통해 세계에 퍼뜨리려는 계획을 알아내는데...

지브롤터에서 00섹션 요원들의 모의훈련 도중 004가 의문의 죽음을 당한다. 한편 소련 고관 코스코프가 체코에서 망명을 하려하는데 이에 007이 돕게 된다. 이 과정에서 코스코프를 사살하려는 첼리스트 여자 저격수를 처치하려하나 이상한 예감에 가벼운 상처만 입힌다. 영국 정보부는 코스코프에게서 소련의 푸쉬킨 장군이 영국과 미국의 스파이를 암살하는 스미어트 스피어넘 작전을 진행 중이라는 정보를 얻게 되지만 이 모든 것은 무기 판매상 휘태커와 손잡은 코스코프가 푸쉬킨을 제거하려는 게획이었는데...

도미니카는 병든 어머니를 책임져야 하는 가장이자 동료의 시기심으로 다리를 다친 비운의 발레리나다. 그는 러시아 정보국 간부인 삼촌의 계략에 빠져 어쩔 수 없이 스파이가 되는 길을 택한다. 탁월한 신체적 조건을 가진 이들에게 심리 조작술을 가르쳐 정보원으로 양성하는 스패로 스쿨. 한계를 뛰어넘는 훈련과정을 통해 레드 스패로 사상 가장 치명적인 스파이로 새롭게 태어난 도미니카는 이후 미국과 러시아의 이중첩자를 가려내기 위해 CIA 요원 나다니엘에게 도미니카가 접근하는데...

남아프리카에서 밀수된 엄청난 양의 다이아몬드가 사라지자 영국 정보부는 제임스 본드에게 다이아몬드 추적을 지시한다. 본드는 관련자들을 한 명씩 추적하며 라스베이거스까지 오게된다. 그 과정에서 관련자들이 차례대로 살해되고 본드도 몇 차례 위기를 넘긴다. 악당 블로펠드는 다이아몬드를 탈취하여 레이저 빔을 이용한 특수무기를 만들고 이 무기로 세계 각국의 군사시설을 파괴하여 위력을 보인 후 적성국가에 팔려고 한다. 본드는 블로펠드의 기지에 뛰어들어 블로펠드의 음모를 제거하고 일당을 모두 처치하려 하는데...

세계적으로 공산주의 체제가 붕괴되면서 극단적인 냉전 상태가 끝나 과거와 같이 뚜렷한 적이 사라진 지금 엘리엇 카버가 등장한다. 카버 미디어라는 세계적 대중 매체의 거부인 그는 인공위성과 통신망, 그리고 신문과 TV를 교묘히 이용하여 3차 세계 대전을 일으킴으로써 주요 강대국을 무력화시키고 세계를 정복하려는 야망을 꿈꾸고 있다. 그 1차 실행목표는 중국과 영국의 전쟁. 그는 인공위성의 조작을 통해 공해상에 있는 영국 구축함의 레이다망을 교란시켜 중국 영해내로 유도하고, 중국의 전투기를 출동하게 만드는데...

러시아 생물공학자 네코비치 박사는 비행기 내에서 이단 헌트로 변장한 앰브로즈에게 벨레로폰을 탈취당한 후 살해된다. IMF 요원 이단 헌트는 네코비치 박사가 테러리스트 앰브로즈에게 탈취당한 것이 무엇인지 알아내기 위해 파견된다. 키메라라는 것이 인플루엔자를 없애기 위한 완벽한 치료제인 벨레로폰을 유전적으로 조합하다 부수적으로 만들어진 악성 바이러스라는 사실을 알아낸 헌트는 임무를 위해 앰브로즈의 전 애인 니아 홀을 포섭한다. 헌트는 니아와 사랑에 빠지지만 키메라 바이러스를 파괴하기 위해 니아를 앰브로즈에게 보내는데...

북부 캘리포니아, 안토니아 베이의 작은 해변가 마을. 마을에서는 100년 전, 목숨을 걸고 안토니아 베이를 창시한 윌리암스, 멀론, 웨인, 캐슬의 동상을 마을회관 앞에 세우는 행사가 진행 중이다. 닉은 낚시꾼들에게 배를 임대하는데 닻을 올리다 바다 속에 수장된 자루를 건드려 빠져 나온 물건들이 바닷가로 밀려나오게 된다. 그리고 마을엔 새떼가 이동을 하고 개가 이유 없이 죽는 등 불길한 기운이 감도는 가운데, 6개월 전 말없이 떠났던 닉의 여자친구 엘리자베스가 돌아온다. 엘리자베스는 사람들이 불타고 자신은 익사하는 악몽에 시달려왔는데, 주변에서 일어나는 이상한 일들에 대해 조사하던 중 예전 멀론이 살았던 곳에 지어진 보트 하우스에서 멀론이 작성한 일기장을 발견하고 그의 후손인 멀론 신부에게 가져가 도움을 청하지만 거절당한다. 한편, 과거 1871년 나병 환자들을 태우고 있던 배가 마을 설립자들의 음모로 짙은 안개 속을 헤매다 재물을 약탈당하고 불에 타 죽게 된다. 그때 억울하게 죽었던 원혼들이 마을에 몰려오는 짙은 안개와 함께 100년 만에 나타나 마을을 설립한 후손들에게 잔인한 복수를 시작하는데…