Ash, Pikachu ja muu jengi ovat matkalla katsomaan Millenium-komeettaa, joka näkyy vain seitsemänä yönä joka tuhannes vuosi. Matkalla he kohtaavat sirkuksen, taikuri Butlerin sekä hänen apulaisensa Dianen, ja heistä tulee ystäviä. Kun komeetta näyttäytyy, Jirachi herää unestaan. Jirachi on Pokémon, joka pystyy täyttämään toiveita, ja tämä aiheuttaa pientä kaaosta ryhmässä.
Kaukana tulevaisuudessa kaksi kansakuntaa ovat verisessä sodassa keskenään. Warchyld on toisen maan paras sotilas. Tunteettomana ilman omantunnontuskia hän on tehokas taistelija. Kaikki sujuu hyvin siihen asti kunnes hän alkaa kyseenalaistaa loputtoman tappamisen. Kun hän sanoutuu irti armeijan palveluksesta, hänestä tulee uhka omalle maalleen ja hän joutuu pakenemaan tappaja kantapäillään. Pakomatkalla hän tapaa Halon, naisen joka pakenee pakkoavioliittoa. Yhdessä he etsivät pakopaikkaa kaukaa sodan hirmuista.