Изминали са 15 години от загадъчна глобална катастрофа, която е поставила Човечеството на ръба на оцеляването. Но тези, които са останали живи, са изправени пред още по-страшни изпитания. Земята е атакувана от "Ангели" - загадъчни гигантски същества, появили се от неизвестно място. Единственото оръжие на планетата, способно да им се противопостави - това е роботът от серията "Евангелион", създаден чрез напреднали био технологии. Той може да се синхронизира с телата на тези, които го управляват. Този отряд от уникални бойци се обучават и живеят в подземния град Токио - 3, щаб-квартира на организацията "НЕРВ", оглавяваща защитата на Земята.

Сюжетът ни пренася в недалечното бъдеще, когато Земята е под прицел на извънземни нашественици. Екип от най-добрите учени разработва програма, с която войници от миналото ще могат да вземат участие в тази футуристична война.

Метеоритен дъжд заслепява земята, голяма част от земното население наблюдава красивото явление... в резултат 99% ослепяват.

През 1947-ма година в Ню Мексико, радио-оператор прихваща странен сигнал, който се различава от всичко с което той се сблъсквал до момента. Докато се опитва да разбере за какво точно става дума, младия мъж изчезва безследно.