Марти Макфлај и доктор Емет Браун имају нов задатак. Желећи да помогну својим потомцима, Марти и његова девојка морају да отпутују у 2015. годину да би изашли на крај са младим деликвентом, Грифом, сином насилника Бифа. Марти полази за руком да га надмудри, а пре него што се врати у 1985. годину, купује спортске новине надајући се да ће зарадити новац кладећи се на утакмице за које већ зна резултат. Међутим, доктор Браун не одобрава Мартијев план и баца новине. Прислушкујући разговор, Биф у новинама види прилику да се обогати. Узима новине и путује у 1955. годину, где ће, уз помоћ резултата објављених у часопису, зарадити милионе. Да би спасио свет од садашњице у којој царује Биф, Мартијев пут у будућност овога пута је много компликованији - он мора да реши проблеме у три испреплетана временска раздобља.

Шест месеци након догађаја приказаних у Матриксу, Нео се показао као добар знак за слободне људе, јер се све више људи ослобађа од матрикса и одводи на Зион, једно и једино упориште Отпора. Нео је сам открио своје супермоћи, укључујући супер брзину, способност да види кодове делова унутар матрице и одређени степен самоспознаје. Али гадна вест погађа људски отпор: 250.000 сензора машина копа за Зиона и достићи ће их за 72 сата. Како се Зион припрема за коначни рат, Оракл саветује Неа, Морфеуса и Тринити, да пронађу израђивача кључева који ће им помоћи да дођу до извора. У међувремену, Неов понављајући сан који приказује Тринитину смрт га забрињава и као да то није довољно, агент Смит је некако избегао брисање, постао је моћнији него раније и одабрао Неа као његову следећу мету.

Брус Нолан је ТВ извештач у Бафалу, разочаран својим пословним (не)успехом. На крају најгорег дана у животу проклиње Бога који овога пута одговара. Бог му се обраћа у људском облику дајући му се своје моћи не би ли он боље обављао његов посао. Почиње шоу...

Др Миранду Греј оптужују за брутално убиство њеног супруга и затварају је на психијатријско одељење болнице у којој иначе ради. Она се не сећа убиства, а њен колега покушава да јој помогне у реконструкцији сећања на кобну ноћ. Миранда упознаје експолизвну и насилну пацијенткињу и почињу да јој се привиђају различити духови. На зидовима њене ћелије види поруке исписане крвљу... Једино што је више плаши од постепеног потонућа у лудило су њени грозничави покушаји да дође до праве истине.