מרטי ודוק בראון נמצאים בשנת 2025. לאחר שמרטי ודוק מצילים את בנו העתידי של מרטי מעסק ביש בו עתיד להסתבך, הם מגלים שביף, אויבם המושבע, גנב אנציקלופדיית ספורט ונסע איתה חזרה לשנת 1955 כדי להעניק אותה לעצמו הצעיר כדי שיוכל להמר על קבוצות מנצחות. כשמרטי חוזר בסופו של דבר לביתו בשנת 1985, הוא מגלה שביף, שהפך בינתיים למיליונר, שולט בעיר ביד רמה, ועתה הם חייבים לחזור שוב ל-1955 כדי לגנוב לביף הצעיר את הספר, להשמידו ולהחזיר את המצב לקדמותו.
השני בסדרת סרטי מסע בין כוכבים, והראשון בטרילוגיה שסופה ב"מסע בין כוכבים 4: השיבה הביתה". הפדרציה, יחד עם קבוצת מדענים, משתפת פעולה בפרויקט שנקרא "בראשית". זו תכנית להחזיר כוכב לכת מת לחיים. עד כה הניסויים הראשוניים הצליחו, וכעת לצורך השלב הבא, שהוא למעשה החזרת כוכב לחיים, נדרש כוכב לכת מת. הפדרציה שולחת את ספינת החלל רילאנט למצוא מועמד כזה. הקצין הראשון בספינה הוא חבר צוות האנטרפרייז לשעבר, פאבל צ'כוב. הם מאתרים מה שנראה ככוכב לכת מת במערכת סטי אלפא, אבל החיישנים מזהים סימן חיים קטן שמצביע על כך שכוכב לכת זה אינו באמת מת. קפטן הספינה חושב שאולי ניתן לפנות אותו משם, והוא וצ'כוב יורדים לחקור את מקור החיים. הם מוצאים את מה שנראה כתא חיים, אך נתפסים על ידי תושבי הכוכב. כשהם נלקחים למנהיג, צ'כוב מזהה אותו כחאן ,ביו-אדם מהונדס מסוף המאה ה -20, אותו מצא קירק לפני 15 שנה, שניסה להשתלט על האנטרפרייז ולהרוג את קירק. למרות שחשב שסיים את הקריירה שלו על האנטרפרייז, מוצא עצמו קירק בעיצומה של הרפתקה מסוכנת חדשה.
ניצחונו של אדמירל קירק על קאן ויצירתו של הכוכב ג'נסיס הם ניצחונות ריקים מתוכן. ספוק נהרג ומקוי מאבד את שפיותו ללא הסבר או סיבה. אולם אז ביקור מפתיע של סארק, אביו של ספוק, מספק גילוי מדהים.